在我国清朝时期，所谓的“两广总督”指的就是执掌广东与广西的军政大权。当年广东巡抚掌握着广东军务、粮饷，也是有着军政大权的。从官职的级别来看，两广总督属于正二品官阶，兼任兵部尚书衔以及都察院右都御史职位后，升为从一品官阶。而广东巡抚属从二品官阶，兼任兵部侍郎和都察院右副都御史职位后，升为正二品官阶。从辖区、官阶来看，两广总督似乎是凌驾于广东巡抚之上。但在实际操作中，往往没有那么简单。
这跟两广地区本身的位置，以及历史形势有关。广西临近边界，当地民情复杂。广东海岸线较长，明朝时便开始逐渐繁华。但明末清初时，两广地区曾饱受战乱。顺治年间，这里是明朝抗清的根据地。
康熙时，三藩之乱同样把两广地区卷入其中。很长一段时间内，清朝对两广地区的统治，并不牢固。顺治年间，就曾发生过提督杀了总督造反的事情。而两广地区距离北京又远，对清朝而言，管辖起来，难度极高。
尤其是广东。乾隆年间，清朝在过去推行海禁的基础上，又限令只开放广东一处港口。每年跟国外的贸易往来，都能带来巨额白银。后来号称富可敌国的广东十三行，便是由此而生。两广总督的辖区虽然包括广东、广西两省，却长期驻地广东，广西事务中，除军务外，政务一律交由广西巡抚负责。
这种驻地选择，也是一种特殊考虑。跟全国大部分地区相比，也有一些不同。一般而言，清朝会让总督兼任驻地巡抚。如闽浙总督驻地福州，便会兼任福建巡抚。
但是，遇到两广地区的情况，朝廷就会在两广总督驻地广东的情况下，再设广东巡抚的职务。乾隆年间，两广总督陈宏谋是广西人。按照清朝官员回避籍贯地任职的制度，陈宏谋不能担任这个职位，当时也有大臣提出质疑。而乾隆给出的回复是，两广总督驻地广东，所以陈宏谋可以担任这个职位。
这种设立，有多重原因。广东盛产海盐、矿产，这是它的优势。不过，广东在清朝时，民间私自械斗非常厉害，治安非常难以管理。让两广总督和广东巡抚同时驻任广东，可以分担压力。所以，在两广地区督抚的选人上，清朝一直十分看重。清朝前期，虽然不看重科举出身，但对他们的从政经验、家世背景、军事能力，都有很高的要求。
乾隆十三年，尹继善担任两广总督。从这以后，朝廷开始要求两广地区的督抚们，要有更好的科举出身。因为天下太平，更需要擅长文治的官员，处理各种繁杂事务。而且，广东巡抚与两广总督虽然同驻一省，但各有分工。两广总督侧重军事，广东巡抚侧重民政。广东的海防又一直是清朝军事重点之一。两广总督驻地广东，可以更好处理这些事情。
但是，两广总督跟广东巡抚在互相分担压力的同时，也有互相监督的情况。这是清朝对总督、巡抚的普遍情况。因为清朝的时候，总督、巡抚都是手握大权的封疆大吏。即便皇帝把任免督抚的权力掌握在自己手中，可难免会出现意外情况。清朝为防止出现过去地方割据的情况出现，也是下了一番苦心。
朝廷会派遣都察院官员，对地方官员进行监督。总督、巡抚做出一些重大决定时，必须得到朝廷中枢的同意。比如说，总督、巡抚要大规模调动军队，需要得到兵部调令，否则，视为违法。
同时，授予四品以上官员，向皇帝直接上密折权力。这样一来，总督、巡抚就接受下属四品以上官员的暗中监督举报。更重要的，就是让总督、巡抚互相监督。他们可以直接向皇帝上奏折举报。
一般的总督、巡抚都是如此，更何况还是像两广总督、广东巡抚这样，驻扎在同一个省份的官职，互相监督起来，自然就更容易了。这虽然会造成督抚互相牵绊，办事效率下降，却能让朝廷放心。
总结而言，两广总督在一般情况下，可以节制广东巡抚去做一些事情。比如出一份公牒，让广东巡抚把自己麾下直接指挥的绿营军划归两广总督暂时指挥，且不用经过兵部调令。但是，这并不代表两广总督，可以完全凌驾于广东巡抚之上。不过，到光绪年间，两广总督开始兼任广东巡抚，两个官职的区别也就抹平了。
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