说起九天玄女，有一种说法是由“天女魃”衍化而来的。在《山海经·大荒北经》中有说过这样一句话：“有人衣青衣，名曰黄帝女魃。蚩尤作兵伐黄帝，黄帝乃令应龙攻之冀州之野。应龙蓄水。蚩尤请风伯、雨师纵大风雨。黄帝乃下天女魃，雨止，遂杀蚩尤。”这个所谓的天女魃是当初由皇帝请下来的仙人，专门为了对付蚩尤所请的风伯与雨师。原来大约属于早期女魃神，后来就变成了人身鸟首的玄女。
据《云笈七签》和《墉城集仙录》记载：神农是一位有功于华夏民族的古帝王，但至其孙子榆治世时国政就连连失道，诸侯相互侵吞，战火不断。强盛者各据城邑，自僭五行而自为帝号者有太昊后裔青帝，神农后裔赤帝，共工氏后裔白帝，葛天氏后裔黑帝，有熊氏部落首领黄帝。到了蚩尤时，不效先人之德，以安民心，反而依恃铜首铁臂，兴兵作乱，侵吞各邦，人民深受其害。蚩尤长相令人十分可怕，一般认为是“兽身人语，铜头铁额，食沙石子”，或曰：“牛蹄，四目六手，耳鬓如刽戟，头有角。”
时黄帝即位二十二年，礼贤下士，修身积德。为了拯救人民，奋起讨伐蚩尤，大战于涿鹿之野。但蚩尤凭借妖术，黄帝虽得风后和力牧二圣贤帮助，但仍九战而不胜。于是黄帝虔诚祈祷于泰山，终使西王母深受感动。西王母遣使先授真符给黄帝佩戴，再命玄女降临，传授三宫五意，阴阳之略，太乙遁甲、六壬步斗之术，阴符之机，灵宝五符五胜之文，以及兵符印剑。且为黄帝制造夔牛鼓八十面，遂使黄帝与蚩尤决战胜利而平定四方。故唐朝文学家王勃《乾元殿颂》说：“帝座闻鼙，玄女荐龙庭之策。”至此玄女已完全脱离了动物的痕迹，成为了一位扶助应命英雄的上界女仙。
春秋时，吴王无道，玉帝遣玄女降临凡间助越亡吴。玄女化身为南山处女，受聘越国为国师，教练六千君子军。在吴越战争中，六千猛士所向披靡，但南山处女功成身退，不知所终。越王统治江东后，思念玄女前功，遣使寻访，毫无踪迹，即建仙女祠于南山之上，岁时祭祀。是时玄女游云梦之地，见山中有白云洞，仙气缔绕，遂往暂息。洞中白猿化身为袁公，向玄女虔恭朝拜，终日摘花献果，加以供奉，玄女见他小心谨慎，修持养道，遂尽传剑术予他。功成携白猿同上天庭朝见天颜，玉帝见之甚喜，封袁公为白云洞君，敕他掌九天秘书。
据《隋书》记载，玄女曾向黄帝解答男女俯仰升降盈虚之术，表明玄女还是颇精养生之道的女仙。
