在正史上记载，朱棣是马皇后的亲生儿子，马皇后共生了五个儿子，而朱棣排行老四，但是对于朱棣真实身份之谜历史上一直都有说法，有说朱棣其实是碽妃儿子，这个碽妃是谁?历史上记载少的可怜，但是这个女人可是有着非常重要的地位。
据说，碽妃其实是一位当时高丽进贡给朱元璋的绝世美女，朱元璋很喜欢她，获得宠爱时间不长，朱元璋总以为这名碽妃给他戴了绿帽子，所以朱元璋发明了铁裙之刑，这个刑罚就是用来对付碽妃的，这种刑罚非常的变态，让女犯人穿上铁裙后，然后再把人放到火上烤，这种刑罚也是残忍至极，碽妃就是惨死致此。
也有的说，朱棣就是碽妃的亲生儿子，但是当时一心相当皇帝的朱棣坚持声称自己是马皇后所生，没想到这也瞒过了朱元璋。这些内容在史书中都可以找到记载的。
后来，朱棣建立一座寺庙，里面只供奉一个人，而且这个报恩寺在当时只有朱棣能进去，大家也都不知道这个报恩寺是为谁建的。后来，到了清军入关的时候，朱棣这个秘密才被人所揭开，原来这个寺庙正是为了纪念一位叫做碽妃的人，之所以供奉碽妃，在当时的一种说法是朱棣为了感谢其养育之恩，但是又不能明着告诉天下自己是她生的，所以没办法的情况下这才建了这座寺庙，为的就是能让碽妃安息。
据后世人推测，可能碽妃是蒙古或是元朝的一名妃子，但是明军打下元朝的时间是1368年8月，但是元顺帝在破城之前就带着自己的家眷逃跑了，而朱棣生于1360年，所以朱棣根本不可能是元朝的后代。
其实有关这名碽妃的资料历史真的是少的可怜，没有丝毫证据表明朱棣就是她的亲生儿子，但是这也可能跟当时朱棣刻意想要抹去这段历史有关，因为朱棣是当时的皇帝，作为皇帝的他也肯定不想让后世之人认为他是野种，所以就抹掉了与碽妃有关的所有资料，他这么做也是为了自己的皇位体面政权的安稳，于是就把生母的资料全部抹掉了，所以后世之人这才难以找到证据。
最普遍的观点是，朱棣的生母其实是个高丽人，李姓，封贡妃。论据是《南京太常寺志》所记：右一位贡妃生成祖文皇帝。史料中关于贡妃的资料很少，据说是因为生朱棣的时候早产，朱元璋认为孩子定非己出，而将其赐死。又有学者自朱棣年龄上推断，认为他是寿州人李淑妃所生，同样不是马皇后的嫡子。对好不容易当上了皇帝的朱棣来说，既不能在公众面前承认自己是庶出，又想寄托对生母的纪念，那么最好的办法，就是把一切打上报母恩的旗号，暗渡陈仓。
明十三陵之长陵中的徐皇后，就是朱标的母亲，朱标被封太子，洪武帝大行以前朱标亡，所以皇太孙朱允汶称帝(建文帝)。
