史学界的材料表明，在玛雅灿烂文明诞生以前，玛雅人仍巢居树穴，以渔猎为生，其生活近乎原始。甚至有人对玛雅人是否为美洲土著表示怀疑。因为没有证据表明，中美洲丛林中这奇迹般的文明存在一种渐变或过渡阶段。
玛雅文明的兴衰笼罩着一层谜，没有一种说法有充足的证据令人信服。
有观点认为，玛雅人的祖先很可能是外星人，玛雅人不过是外星人的后裔。玛雅人与外星系的祖先，可能保持密切联系和经常交往。当玛雅人人口剧增、粮食不足、自然灾害等导致困难重重、矛盾层出，使之不能自拔时，外星世界的祖先会作出大转移的决策，下达动迁的命令，从而使玛雅人以迅雷不及掩耳的速度，对地球上的玛雅人进行了太空大转移，让绝大多数的玛雅人，迁往另一个星球，开始他们的新生活。
美国的艾力克和哥雷克两兄弟所言的"外太空人起源说"，重要依据是关于玛雅的"卓金历"。他们认为具如此高水准天文学的玛雅人，并非是要编造公转周期中毫无根据的"卓金历"，此历只是玛雅人用来表明自己的故乡--"地球外的行星"的历法。如果"卓金历"果真如此，就可以推知这颗行星的形态。
公转周期为260日的行星，应是位于金星和地球中间，且此行星十分温暖。故古典期的玛雅人选择地球上酷热的热带雨林居住，可印证此观点。
据艾力克和哥雷克所言，"外太空人"是数十万年前，为采矿而离开故乡的行星，来到X行星的。由于X行星发生爆炸，才到地球避难。最初居住的地方是温暖的南极，但因其冰河期来临，故移至北方，最后抵达之处是中美的密林。
诚如旧时代的文明在此兴盛一样，故乡的行星供给食物，也有太空船。所以玛雅族不必居住于肥沃河川的流域。文明时代的玛雅，因拒绝与当时原始的地球人接触。虽然建造高度文化水准的都市，仍采取封闭政策。
为了建造石造都市群，使用当时还未有的种种工艺技术，以及利用原住民为其原动力。大部分被视为"奉献给神的祭品"的宗教仪式，其实是地球人的人体解剖及医学手术，这些牲品的场面残留在雕刻及壁画中。
"玛雅人"之所以于九世纪一起离开地球，是因为墨西哥高原的印第安人发动战争，欲将玛雅文明占为己有。于是玛雅人将所有的设备、器具放在太空船上，飞向外太空。
大概能证明这种说法的书籍，就是十八世纪初，由基督教神父法兰西斯·喜梅奈斯发现的《波波尔乌夫》(又译《危地马拉州印地安的起源》)，书中几乎未记述玛雅人的事迹，而是玛雅人的神话。
这本玛雅的古事记用玛雅系奇吉族语言写成。根据此书的记载，人类和世界曾被创造三回，并毁灭三回。第四回时，创造了世界和人类。但奇吉族的祖先说其他的民族，与传说中的祖先完全不同。
总之，在人迹湮没的热带丛林地带，建造世界超文明，处于黄金时代的玛雅人突然消失之谜，过于深奥费解。
