由于唯一记载秦朝的正史《史记》没有地理志书，所以秦朝的行政区划并无单一可靠的来源，除由《史记》记载的三十六郡外，还有四十郡、四十八郡之类说法。甚至三十六郡的具体所指、郡治、范围也是历来史学家、历史地理学家研究的课题。
根据里耶古城的考古发现，秦朝还存在“洞庭郡”。黔中郡是否存在是争议话题。而在2008年，岳麓书院根据从中国海外紧急抢救的2098枚珍贵秦汉竹简中，在已知秦朝四十八郡之说外还发现了有两个新郡的证据，一个叫州陵郡，一个叫清河郡（郡治山东省巨野县张表乡清河集村，见巨野县志）。
在抢救过程中，有一枚秦简刻有“丙辰朔己卯南郡假守贾报州陵郡”而“州陵守”、“州陵假守”则至少出现过3次。岳麓书院副院长陈松长还介绍到另外一枚秦简则清晰地篆写有“清河假守”，可以推测为“清河也是郡名。”同时还有桂林、象郡、南海三郡。
郡县制度
秦始皇二十六年（公元前221年），丞相王绾请封诸皇子为燕、齐、楚王，得到群臣的赞同。廷尉李斯力排众议，主张废除分封诸侯的制度，全面推行郡县制度。秦始皇接受了李斯的建议，把全国分成三十六郡，以后又陆续增设至四十余郡。皇室任免郡县的主要官吏，这些郡完全由中央和皇帝控制，是中央政府辖下的地方行政单位。中央集权的制度从此确立。
秦始皇二十八年（公元前219年）的峄山刻石辞说：“追念乱世，分土建邦，以开争理”；“乃今皇家，壹家天下，兵不复起”。这说明秦始皇认为废分封行郡县是消除各地兵争所必须的。
郡，是中央政府辖下的地方行政单位，其组织机构与中央政府略同，设郡守、郡尉、郡监（监御史）。郡守，为一郡最高行政长官，掌全郡政务，直接受中央政府节制；郡尉，辅佐郡守，掌管全郡军事；郡监，掌监察工作。
郡以下设县或道。县是秦朝统治机构中关键的一级组织，是从中央到地方政府机构中具有相对独立性的一个单位。内地设县，边地少数民族地区设道。满万户以上的县设县令，不满万户的设县长。令、长为一县之首，掌全县政务，受郡守节制。县令下设尉、丞。尉，掌全县军事和治安；丞，为县令或县长的助手，掌全县司法。郡、县主要官吏由中央任免。
县以下设乡、里和亭。乡和里是行政机构，亭为治安组织。乡设三老、啬夫和游徼。三老掌教化，啬夫掌诉讼和税收，游徼掌治安。乡以下为里，是秦国最基层的行政单位。里设里正或里典，后代称里正、里魁，以“豪帅”即强有力者为之。其职能除与乡政权职能大体相同外，还有组织生产的任务。
此外，还有司治安、禁盗贼的专门机构，叫做亭，亭有长。秦规定，两亭之间相隔十里，设亭长。亭遍布于城乡各要地。
秦朝创下的一套中央集权国家政治制度在以后中国社会的历史中，只有修修补补，基本框架不变。为了巩固统治。
