公元1644年，来自山海关外黑土地上的满洲人在明朝投降将领吴三桂的配合下，已经来到北京。这年五月，明朝最后一个正宗的皇帝崇祯自缢于煤山，年仅六岁的顺治帝在北京登上了龙廷。
大明的臣民们都不愿意臣服满清政府的统治，大汉民族的抵抗情绪异常强烈，尤其是江浙地区。满族统治者心里清楚，汉族儒道文化的滋养，使前朝士人们的亡国之痛很难愈合，他们不会割舍故国之思，而是或隐居山林，或遁入空门，或寄情诗文史籍，结社吟咏，冷嘲热讽，唤起人们对满族血腥杀戮和异族统治的敌视，唤起臣服者的斗志。
比起先前的武力镇压，这才是真正让统治者头疼的大事：要巩固自己的政权，必须从头脑里让民众臣服。而要达到此目的，必须瞪大眼睛，随时发现风吹草动，并加以镇压。
这样，康熙二年（1663年），清朝统治者便蓄意制造了庄廷鑨《明史》案。辅政的鳌拜等四位大臣假借幼主之命，残酷地凌迟、重辟和处绞了七十人（其中不少为名士和贤才），造成了极为恶劣的清初第一文字狱大案。
浙江南浔是今天的旅游胜地。在清朝初年，南浔也是繁华名镇，属乌程县（今吴兴）辖，镇上富贾豪商云集。庄家是当地闻名的豪门大户，家资丰厚，家中才子辈出，当时有”九龙”之称：庄允城与弟弟庄允坤、庄允埰，庄允城的儿子廷鑨、廷钺，庄允埰的儿子廷镳、廷鎏、廷镜、廷铣。
这两代九人中，庄允城为明季贡生，庄允坤为清顺治十一年贡生，庄廷鑨也是贡生，其余多为庠生，都喜读经史子集，吟诗作画，附庸风雅，在当地煊赫一时。
庄廷鑨更是”九龙”中的佼佼者。他字子相，从小文采出众，十五岁就被从县学里选拔出来，成为贡生，进了当时的最高学府——设在北京的国子监。可是19岁时却不幸身患重病，虽经花费大把银子抢救保住了性命，却从此双目失明，但他不甘寂寞，遂以司马迁”左丘失明，厥有《国语》”之说激励自己，以瞽史自命，欲编纂史书而名传后世。
恰好比邻的朱家，是明朝天启时内阁首辅朱国桢的后人，家中藏有朱国桢编撰的《明书》一部，尚未刊刻印行。《明书》效仿二十一史体例，中有”国事及公卿志、状、疏、草命，胥钞录数十帙”，但其中”论赞”之文，皆称”朱史氏”。朱国桢死后，子孙不学无术，家道迅速败落，最后只得变卖家产，家产卖得差不多后，就打算把父亲的这部书稿以一千两银子的价格向外出售。
庄廷鑨家资殷实，听说此事后立刻将书稿购下，庄廷鑨拿到这个稿本后，就聘请江浙名士茅元铭、吴之铭等十多人，对此增删润色，且加史评，又补写天启崇祯朝和南明史事，编成《明史辑略》，窃为自己所作。可是不久后，庄廷鑨病逝了。
父亲庄允城为了却儿子的遗愿，便邀请名士李令皙（崇祯十三年进士）为该书作序，并将”参订”者十八人姓名列于书中，以图提高声价。这本书由庄廷鑨岳丈朱佑明出资刊印，于顺治十七年冬印刷完毕并开始发行。
《明史辑略》的销路很好，人们对其也是赞不绝口。但尽管如此，仍有博读经史、洞晓世事的名士从表面的和善中察出了不妙。他们就是列名《明史》参订的举人查继佐和贡生陆圻、范骧。正是他们的首先发难，点燃了《明史》冤案的导火索。他们听说书中的天启、崇祯部分颇有触犯清朝的话，恐怕引火上身，便将此事呈报浙江学道。学道胡尚衡即批转湖州府学查明报告。湖州府学教授赵君宋立即购得该书，从中查出”违碍”字句。
榜宣于学门，并报告上级。庄允城财大气粗，一面上下行贿，并托湖州分守道张武烈对赵进行威胁；一面将书中被认为有问题的地方另行刻印，再将重刻的《明史辑略》送礼部、通政司和都察院审查。当时，此案已交由湖州府处理，推官李焕给《明史》下判状时，就有”既经部、院检察，便非逆书”的官方鉴定。事情似乎就要这样不了了之。
然而树欲静而风不止，此时庄氏《明史》事件已经闹得满城风雨，许多心怀叵测之人开始盯上这个非常惹人的敏感物。此事惊动了两位刚从刑狱重释放出来的人物：李廷枢和吴之荣。正是这两位人物的翻云覆雨，弄权作奸，成就了《明史》冤案。
先是已革职的浙江督粮道李廷枢，闻风而购得此书的原刻本，便和自己的学生一一湖州知府陈永明议定，将所诈钱财二人平分。但陈永明凭此书向庄允城索要了数千两银子，却全部独吞，未给李廷枢一分一文，仅将原书还他。李廷枢懊恼地又将此书交给亲家——已革职的吴之荣，要其继续讹诈庄家。
吴之荣原任归安县令，曾以贪污罪坐过牢，遇赦出狱时，尚坐赃银八万两未追还，后来在湖州，又诈得赃银十万。这个阴险歹毒之徒，立即又拿着这本书去庄允城家敲诈勒索，庄允城认为有知府陈永明庇护，也已通过三个衙门，有恃无恐，因之对吴之荣不予理睬。
吴之荣又持此书向镇浙将军柯奎告发，据《范氏记私史事》云：“之荣认为奇货可居，先唆投将军柯云：‘庄氏巨富可扰。’”庄允城又托人贿赂松江提督梁化凤，梁化凤写信向柯奎说情，又把事情压了下去。吴之荣还不甘心，又以辞行为名，亲去庄家，希望得些馈赠银两，以挽回面子，又遭拒绝。
吴之荣贼心不死，又敲诈庄廷鑨的岳父朱佑明和另一富户董惟儒，说他们曾资助刻印”逆书”。董惟儒为息事宁人，送了些银两，朱家和庄家一样，断然不理，还将其羞辱了一番。朱、庄两家又托守道张武烈将吴之荣逐出湖州。
吴之荣敲诈不成，反而遭此大辱，这口气实在难以下咽，无赖泼皮本性大发，发誓无论如何要报仇雪恨。此时他也不再考虑敲诈勒索银两之事，必欲不择手段置庄、朱两家于死地而后快。他千方百计弄来一套初版《明史》，将其中的”悖逆”之语一一标识出来。
书的凡例中在介绍资料来源时，提到了原作者朱国祯，但在内容中阐发评论时只称为”朱史氏”，而没有写出”朱国祯”三字。吴就借此大做文章，他在其后增加了”朱史氏即朱佑明”一行。同时，为了集中打击让他丢尽颜面的庄、朱两家，他把书前的参订者名单和序文页码都撕去。
作弄停当，吴之荣马不停蹄，直接赶赴京都，将《明史》和检举信递呈刑部，状告庄、朱等造写”逆书”，并言书中的”朱史氏”即朱佑明（其实为《明书》原作者朱国桢）。于是清廷派刑部满洲大员罗多到浙江查办，一场大冤案即由此而开。
《明史辑略》中的”悖逆”之词何在？据考证，书中所谓的忌讳悖逆文字，大概有以下几类。
其一，直写清太祖努尔哈赤的名字和官衔（明建州都督），直写努尔哈赤祖父之名教场（即觉昌安）和父亲之名他失（即塔克世），而不将他们尊称为景祖翼皇帝和显祖宣皇帝。
其二，不以清的年号为正朔，庄史中自明万历四十四年（丙辰，即1616年）至崇祯十六年（癸未，即1643年），均不书清在关外的天命、天聪、崇德年号，即使在清廷入主中原后，还不将其视为正统，而对南明的弘光、隆武、永历政权，则奉为正朔，大书特书。
其三，站在褒明的立场上写明清之战。如李如柏、李化龙、熊明遇诸人传中，有”长山衄而锐士饮恨于沙膦（火字旁），大将还而劲卒销亡于左衽”之句。
其四，直笔书史。实录了明将李成梁杀死努尔哈赤父、祖，并收养努尔哈赤之事；斥责降清的尚可喜、耿仲明为”贼”，而不称”王”，呼清朝为”后金”，将清之”龙兴”说成”兹患”，称努尔哈赤外祖父阿太为”贼”，言及清军入关则用”夷氛”、”夷寇”、”奴酋”等词语。如此等等，无非直录史事而已，不意清廷对此大加摧锄。
罗多不敢怠慢，立即动身，这一年初冬就抵达湖州，刚安置完毕，火速派人赴南浔镇拘捕庄允城和朱佑明两个首犯。庄、朱毫无防备，束手就擒，押解至湖州巡抚衙门，打入死牢，等候发落。
康熙二年（1663年）初，罗多押解庄允城、朱佑明于是年十月抵京，交刑部询问。庄允城此时尚认为该书已经通过三部院审查，无可忧虑，准备到京师申辩，并趁有申诉的机会，揭发吴之荣的老底，却万万没料到甫抵京都，就被关入刑部监狱，倍受严刑拷掠。尽管刑部曾安排他与吴在庭堂上当面对质，但讯问者只是让他确认《明史》是否是自己所编，接下来就让他供认《明史》所犯的八大罪状上画押服罪。
庄深知画押的后果，决不从命，更遭酷刑煎熬。不几日，就声音喑哑，只张口不出声，唯有老泪纵横，悔不当初，又加年事已高，不胜凄楚，仅仅一个月，一腔怨愤无可发泄，于腊月二十三日死在狱中。
再说朱佑明，自然也免不了受酷刑锤炼。在庭堂上与吴之荣当面对质时，吴之荣抓住《明史》上的”朱史氏即朱佑明”一条，咬定朱参与修订逆书。朱佑明有口难辩，极力否认，更受鞭笞火烙，只得极力用银子买通狱卒，才得以保留性命。
朱佑明被押回杭州，与原湖州府学教谕赵君宋被关押在一处。他知道赵君宋是率先揭发《明史》违逆的人物之一，必不会被处死，就把他作为最后的救命稻草，许诺如果赵君宋能救他出狱，自己情愿以半数家资奉送。朱佑明家资百万，半数家资的酬劳让赵君宋垂涎三尺，当即应承，表示一定尽力解救。
当时谁也不知道事态的发展趋势。不过，像赵君宋这样善于钻营投机者，是不会放过任何一个机会的。他知道认定朱佑明有罪的证据是吴之荣后来增刻上去的”朱史氏即朱佑明”一条，而自己购买的初刻本上根本没有”即朱佑明”字样，这是证明朱佑明无辜的铁证，也是自己得到至少五十万家私的通行证。
第二天，赵就迫不及待地禀告吴、戴二位钦差侍郎，清兵押着他到家里取来自己保存的那套《明史》，对照勘验，果如所言。案情一下出现了逆转，不只朱佑明可以因此赦免，赵君宋首告有功也可被释放出狱，而吴之荣可以因伪造证据、诬陷他人、扰乱治安被凌迟处死。
吴之荣没料到这一招，心里发毛，但毕竟老奸巨猾，训练有素。他眼珠一转，以攻为守，咬定自己那本是正本，赵君宋那本被人做过手脚，并举出一个无可反驳的例子：假如朱佑明与《明史》一书无关，何以该书版心的”清美堂”与朱家门厅悬挂的牌匾一致？这就是铁证。
这一回马枪，戳得正准。审判员即刻派杭、严道台和乌程知县郑宗圭、协镇高鼎、总捕头顾五经等军、政、警各路随行，率领人马再下湖州南浔镇，从朱家门厅上取得”清美堂”牌匾送至杭州。朱佑明虽极力申辩，却无力回天。赵君宋只得暗暗叫苦，悔之不迭，最后以窝藏逆书久不上缴罪被置入死牢。
赵君宋提供的全本《明史》，将参订者名单和作序者全部公布出来，清兵即刻按图索骥，派大批军队前往湖州捉拿案犯。第二年正月，鳌拜再派吴、戴两位侍郎赶赴杭州，准备会同浙江督抚按照原本《明史》所列人员名单，羁捕有关人员，严加审讯。这两位侍郎的名字和供职的部门已经无可查考。
可见他们的职务不会太高，但既是由鳌拜钦点派出，就与钦差大臣相类。两人带着心腹差役，带着大队人马，日夜兼行，飞奔浙江省城杭州。他们日夜商谈，制定了详尽的抓捕方案，任务十分繁重：包括将凡与《明史》有丝缕牵扯的人，诸如主编的、参订的、刻板的、印刷的、卖书的、买书的、作序的、审查的、谈论的等等，一律满门拘捕，关入大狱，集中会审。
康熙二年（1633）正月二十日清晨，湖州城门在大白天关闭。湖州城与南浔镇正沉浸在新春欢庆中，人们互相拜年，走亲访友，其乐融融，一片喜庆。随着吴、戴两位钦差的到达，繁华江南顷刻堕入人间地狱，刀光剑影、人喊马嘶，陷入一片紧张恐怖的氛围当中。
吴、戴二人在浙江、杭州官府的配合下，调动当地军队，布下天罗地网，进入杭州、湖州、南浔等有关人员家中抓捕，按照书中列名各家，无论父子兄弟祖孙及奴仆内外男女，全部拿获，大有宁可错抓一千，不可漏过一人的势头。
参与修订的吴炎、潘柽章被逮捕时，还穿着明朝服饰，一人方巾大袖，一人儒巾蓝衫，气宇刚毅，从容就缚，并把全家人都召唤出来，让衙役捆绑。
为《明史》作序的李令皙家住湖州，被抄家时为正月二十日，当时前来拜年的人络绎不绝，都在李家大院里，有七十多人。浑然不觉中，上千名士兵已把李家围得水泄不通。李家百余人连同拜年的亲朋都被抓捕。
庄廷钺自北京日夜兼程回到南浔，正好自投罗网，与他的五个兄弟一起被关入死牢。
江南书商陆德儒正在家置办嫁女喜事，全家及迎亲亲朋所有男女钧被逮捕。
这场正月里突如其来的抓捕行动，使整个湖州府尤其是南浔镇地动天摇。整个抓捕行动持续了一个多月，其他不在湖州的，也都追拿到案。两千多名罪犯被拘系，大多数关押在杭州驻防清军虎林军营内，等待案情审理清楚后发落。
朱佑明见倚仗赵君宋，”聪明反被聪明误”，仗着家资殷实，相信有钱能使鬼推磨，把目光投向了手握重权的浙江巡抚朱昌祚。随着案情的进一步深入扩大，当局的态度日渐强硬，朱佑明知道求朱昌祚按无罪释放自己已无可能，只求能让他”一身流徙，不累家口，不致籍没”。朱昌祚与朱佑明关系颇为密切。于是朱佑明打算花费五万两银子买通朱昌祚。朱佑明虽有些心疼，但暂无其他的路子可走，又渴盼早些出狱，只能咬牙狠心走这条路。
朱昌祚倒也爽快，满口答应只要一拿到银子，将竭力相助，从轻处罚，最多只是流放，并且是很近的地方，不株连全家。这与其他获死刑和被抄家的相比，已经强出百倍。一来一往，事情进展得异常顺利，让朱佑明有些怀疑是否给价太高了？
而事有凑巧，朱佑明的长子朱彦绍妻子的一个姑表兄弟王羽听说此事，极力反对，说自己与官场一些要员很有交往，与杭州城南的满人图赖也很熟。图赖掌握大权，又是真正的满人，比起朱昌祚这个镶白旗强出很多，更重要的是，图赖与两个从京师派来督办此案的钦差大臣吴、戴两位侍郎关系都很硬，而且花费绝对不高，最多三万两银子就足够。一席话让朱佑明心动神摇，他一贯嗜财如命，此时能省出两万两银子，如何不省？
于是就对朱昌祚这边冷了下来。朱昌祚等了半月毫无动静，托龚廷元一打听，才知道自己早给甩了，登时恼羞成怒，发誓要给朱佑明些颜色。
这时，杭州将军松奎也因赦免庄允城被逮入京。他惊惶失措，将事故责任都推在幕僚程维藩身上。程维藩胆小如鼠，把梁化凤之事和盘托出，并找出梁的亲笔信作证。清廷对此极为重视，派人连夜赶赴松江将提督梁化凤抓捕归案。
梁化凤原本以为不过一本书能有什么罪，吴之荣一个小人物也掀不起多大的浪花，就撺掇松奎接受庄允城的贿赂，自己也收入颇丰。此时见事情越闹越大，恐难脱身，就抱定死不认帐的态度，声称根本不知此事，那封信根本不是他写的，肯定系他人诬陷。
吴、戴见难以查出真相，又不能对当今的松江提督动刑，一时无计可施，只能当堂对证笔迹，而对证的结果是：程维藩手里的那封信的确不是梁所写。当然，这个结果是早被梁化凤买下了。吴、戴虽有些怀疑，但又无他法，商量后，认为最稳妥的办法是把问题上交比较稳妥，由四位顾命大臣自己裁决。
事情到了四大臣手上，就不是笔迹的真伪问题，而是梁化凤这人动得动不得。思虑商讨良久，从当时的形势来看，大规模的抗清虽然已逐渐熄灭，但星星之火式的反抗活动依然不绝如缕，尤其是以张苍水为代表的浙江南田地区很有威胁性，而梁化凤的军事才能及在军队中的威望和地位都可能因处治他而引起骚乱。
权衡再三，最终由九岁的皇帝下了圣旨，说梁被奸徒陷害，设计诬攀，当前海疆多事，正需良将，着令回衙供职云云。而松奎则被判决是因汉人不识汉字，免死革职归旗。
至此，《明史》一案基本审理完毕，案件的缘由和来龙去脉也已经上报鳌拜等顾命四大臣。康熙二年（1663）五月，刑部审讯定谳，拟罪奏报，四辅臣称旨，以庄氏《明史》传闻异词、赞扬故明、毁谤本朝、悖逆已极，著将庄朱两家和参与编撰者及其父兄子侄年十五岁以上者斩决，妻妾女孙及子侄十五岁以下者流徙为奴。
据诸书记载，被戮尸、凌迟、斩决、处绞的众多人犯中，包括——
被戮尸者：庄允城、庄廷鑨父子；列名”参订”的董二酉；原湖州知府陈永明（闻讯自缢，后追其尸柩运至杭州，磔尸三十六块）。
被凌迟处死者：庄廷鑨之弟庄廷钺；资助刊刻的朱佑明；作序之李令皙；列名”参订”的茅元铭、吴之铭、吴之镕、李扔焘、吴楚、吴心一、严起云、唐元楼、蒋麟征、韦全佑、韦全祉、吴炎、潘柽章等十四人（参订的十八人中，董二酉已死被戮尸，查继佐、陆圻、范骧被释放）。其家产籍没，家属或被处死，被流徙。
被斩决者：上列凌迟犯人的子嗣，刻字匠汤达甫，印刷匠李祥甫，书贾陆德儒、王云蛟，买书之李继白，湖州府学教授赵君宋。
被处绞者：新上任不久的湖州太守谭希闵，推官李焕，上任不及半月的归安训导王兆祯。其罪名分别是”知情隐匿”和”放纵看守”与此案有牵连之杭州将军柯奎被革职，浙江巡抚朱昌祚、学政胡尚衡、松江提督梁化凤、守道张武烈等人，用重金行贿，方才幸免。
至于那坐赃并勒索的吴之荣，只因向主子告发有功，便在无辜们的白骨上亨通了起来，不仅得到了庄、朱两家各一半财产的奖赏，且被重新起用，官职由七品县令迁升到佥都御史。庄氏文字狱，是清统治者实行思想文化专制政策和对汉族进行思想文化压迫的总信号，它要人民伏帖于统治者的淫威之下，忍辱苟安，逆来顺受，以达到稳定政治之目的。但此等文
字狱一开，又使一些宵小无赖之徒，以文字为武器，对他人极尽诬陷、威胁、勒索之能事，直至置人于死地。此恶例一开，后来越发而不可收，终于在乾隆朝达到登峰造极的地步。更有甚者，此种文字狱对扼杀人才、禁锢思想，对社会的发展，起了恶劣的阻碍作用。
