对于违背土匪纪律的，东北土匪股常常以“活埋”、“背毛”、“挂甲”、“穿花”、“看天”等手段加以严厉惩罚。
所谓“活埋”，即把活人埋进土坑，这对自己内部和抓来的人都适用。
所谓“背毛”，就是用绳子勒死。处刑人用一根小细绳，套在违纪人的脖子上，然后用擀面杖在脖子后一点点上劲，直到把人勒死。
“挂甲”惩处一般在冬天使用。把人的衣服全部脱光，绑在树上，然后向他身上泼凉水，东北冬天气温极低，只一夜的工夫，那人就冻成了雪白的冰条。
“穿花”惩处一般在夏秋季节使用。把人衣服脱光，绑在大树上。东北地区的山上，各种蚊子、小虫、瞎虻特多，一到黄昏，象雾气一样，成群飞来，糊在这人身上，一宿间就把人的血吸干。土匪往往利用这个刑罚来对付抓来又逃走的人。
“看天”是最残酷的刑法。处刑人把一棵青干柳小树（一般碗口粗细），一头削尖，插进犯人的屁眼子里，然后一松手，人被挑上天空，不久死去。土匪使用这种方法对付那些叛变、告密的人。
此外，用马拖、火烧、刀割等等刑罚也是很多的，最多的是用皮鞭沾凉水（或用皮带）抽。
对于“压花窑”（即强奸女人）的匪徒处罚很严，一般都是处死刑。随便找人家女人，也是要受到刑罚的。各地土匪组织为各种需要而制订了纪律，以约束土匪成员的行为规范。
但是，在土匪的活动过程中，土匪的违纪现象是屡见不鲜的，即使是口碑较好的“义匪”亦如此，如河南白朗匪部，白朗制订严厉的纪律来禁止部众骚扰妇女，但实际上当他们的部队扩展到成千上万的规模时，特别是当土匪外出抢劫得意忘形时，就很难控制他们强奸妇女的行为，例如，在白朗洗劫陕西彬县和河南栾川之后，据记者报道，没有一个超过十岁的女孩子不被强奸。
此外，还有大量的开小差、泄密、不服从、私吞抢劫财物、骚扰乡邻、动作迟缓等违纪现象。对于这类违纪现象是否作惩处呢？不能过高地估计土匪纪律对土匪成员的约束作用，土匪队伍不会严格按纪律惩罚违纪成员。但是，也不要否认在特定情况下，对违纪的土匪又的确是按纪律作严惩的。
例如，有的土匪队伍对行军中动作迟缓的人要作严厉的处罚。有一位因心脏衰弱而在急行军中掉队的土匪实在走不动了，土匪头子很平静地告诉他，他当土匪的日子最好可以结束了。这位脸色苍白、上气不接下气的土匪听了立即明白了该做什么，他没有说什么，提起自己的步枪便朝着河沿走去，然后消失在一片沼泽地中。这位土匪的土匪生涯就这样结束了。
一般情况下，由土匪头子执行纪律，土匪头子操纵着其他土匪的生杀大权。许多资料证明，土匪头子对以下几类违纪者基本上都要处以死刑：
一是骚扰抢劫乡邻。“兔子不吃窝边草”，是土匪制订的一条最重要的纪律。土匪的抢劫行为的一个很重要的界限取决于是在家乡还是在外打劫。一离开家乡，普通土匪就变得很难控制。但是在家乡，他们受到土匪行为准则的约束，违纪是要受到惩罚的。以下是一段记载：
民国时期流窜于山东济宁、汶上、宁阳、兖州一带的武装土匪陈德山部，作恶多端，队伍发展很快。陈德山系汶上县人，为了能在当地站稳脚跟，不准自己部下的土匪在当地抢掠。他常讲：“一百里内出了事，找我姓陈的。一百里外，我就不管啦！”