据考，《伤寒杂病论》成书大约在公元200年前后，因为历史久远，并因连年战乱，再加上《伤寒杂病论》初成书时受限于传播途径，此书流传并不广泛，以至如今所见《伤寒论》各版本均有缺失。目前比较流行的、公认具有研究价值的版本主要有以下几个。
一、王叔和整理的《伤寒论》和《脉经》本
《伤寒杂病论》成书之后，由于战乱频仍，在仲景逝世不久，原书便散失不全。曾任魏、晋两朝太医令的王叔和搜集该书遗卷，并整理、重新编次。因非原书全貌，且内容多为伤寒病的辨证论治，故更名为《伤寒论》，共10卷22篇。据考证，王叔和整理《伤寒论》的时间，距仲景去世不过二三十年。王叔和还将《伤寒论》的内容收入其所著《脉经》之中，今人有称《脉经》所收录的《伤寒论》为“脉经本《伤寒论》”。
二、千金本《伤寒论》（又称唐本）
唐代孙思邈撰《备急千金要方》时，仅引证了《伤寒论》少量内容，尚未将全貌收入。但从他“江南诸师秘仲景要方不传”的说法来看，《伤寒论》的确在民间流传，是“诸师”所有，而不是个别人所收，但大家将其视为秘典珍藏，不轻示人。至孙氏晚年撰《千金翼方》时，收载了《伤寒论》的全部内容，载于卷九、卷十中，今人称之为“千金本《伤寒论》”，也有称之为“唐本《伤寒论》”。
三、外台本《伤寒论》
唐代王焘著《外台秘要》，收录了《伤寒论》的大部分内容，也收入了可以在今本《金匮要略》中见到的一些内容。因此推测，王焘所藏可能是《伤寒杂病论》的另外一个版本，并非得自王叔和所传，今称之为“外台本《伤寒论》”
四、康治本《伤寒论》
康治本伤寒论，系唐朝时期手抄卷子本，卷末有“唐贞元乙酉岁写之”的字样。19世纪中叶在日本发现，是康治二年沙门了纯抄录，全书1卷，仅存65条，50方。系从伤寒论中节录出来，但文字与之后的宋本互有异同。据推测此本应与唐代医官考试有关。唐代，国家设医官选拔制度，其中伤寒论的占到总成绩的1/5，于是应试者为求方便，将考试部分抄录习诵，于是有此本。
五、康平本《伤寒论》
康平本《伤寒论》，是日本后冷泉天皇康平3年2月17日侍医丹波雅忠据家传本抄写的。该版本比宋本早了3年，因此该书具有很高的文献意义。尤其值得注意的是，在宋本中的一些原文，在康平本中，是以注解、注文的形式出现的。康平本抄录时，有顶格、退一格、退二格的格式，顶格为原伤寒论仲景原文，退一格、退二格则均为疏注。这对后世研究《伤寒论》有很高的指导意义。
六、宋本《伤寒论》（又称治平本）
宋代校正医书局林亿、高宝衡、孙奇等人校订了《伤寒论》，并在大宋治平二年（公元1065年）刊行。《伤寒论》自此方有定本，此即宋本《伤寒论》，亦称治平本《伤寒论》。初科大字本，装订精良，但售价过高不易普及。后由高宝衡等建议，又刻小字本。但可惜的是，宋本原刻，无论大字本、小字本，如今均已不见。
七、赵刻本《伤寒论》
明代赵开美，本是富商，又习医术。万历二十七年（公元1599年），赵开美出资行刻《仲景全书》（此书初仅收录成无己《注解伤寒论》、此后收入宋英公《伤寒类证》、又收入《金匮要略》，后经友人赠送宋本《伤寒论》，方知成无己所注伤寒论已经远非原文，于是又加刻《翻刻宋版伤寒论》，后将此四部合订为《仲景全书》，并将《翻刻宋版伤寒论》置于全书之首。）一部，该书第一部分，即《翻刻宋版伤寒论》。
八、成本《注解伤寒论》
成无己在宋版伤寒论的基础上，全面做注，著成《注解伤寒论》一书。金皇统四年（公元1144年）刊行，这是第一个系统注解《伤寒论》的版本，人称“成注本”或“成本”，该版本经明代汪济川校勘，又几经翻印，因其既有原文，又有注文，便于学习，故流传较广，以致很长时间内，人们只知成本，而不知宋本。但成本注解时，删去了宋本《伤寒论》的子目，对后8篇原文进行了一定的删减和改编，使人们已经看不到宋本《伤寒论》的原貌。不过他对《伤寒论》主要内容的流传，做出了不可磨灭的贡献。世人称之为“成本伤寒论”
九、《金匮玉函经》、《金匮要略》
宋代校正医书局除刊印宋本伤寒论之外，还校勘刻印了《金匮玉函经》8卷，金匮玉函经和《伤寒论》同体而别名，特点是条论于前，会方于后（此本共八卷，前六卷均为伤寒论原文，后两卷收录方剂）。人称“玉函本”或“别本”。后经清代陈世杰复刻，流传至今。
十、《桂林古本伤寒杂病论》
桂林古本，又称《桂林古本伤寒杂病论》，或称《仲景十二稿伤寒杂病论》，传为仲景46代玄孙张绍祖秘藏之珍本，于光绪二十年（公元1894年），传于其徒左盛德。该版本至今争议较大，多有认为其为伪作者。如郝万山先生，认为此本多半为后人伪托。但不论该书是否伪作，其对于学习《伤寒杂病论》仍具有很高的参考价值。
十一、敦煌卷子本
1900年，在甘肃敦煌莫高窟藏经洞，考古发现四万余件手写本和少量木刻本古籍。国内外学者视之为珍宝，而医学文献，只占了敦煌出土文献中很小的一部分，其中5.202号残卷，即医圣仲景的《伤寒杂病论》之残卷。卷首尾均残脱，仅存103行，计30条条文。但此本是证实《伤寒杂病论》原为一书的一个佐证。一般名为“敦煌甲本”或“敦煌卷子本”。此外在在甘肃、四川等地也有类似出土，但均残脱过甚，不及宋本。
十二、长沙古本
长沙古本为湖南浏阳刘世祯得自于江西张姓老者处，民国之前未见传世，此书来源近于传奇，一些人认为是伪作。该书为白文本，共计十六卷，卷一、二为平脉法；卷3为伤寒例；卷四温病；卷五为暑、热、湿、燥病；卷六至卷十一为六经病；卷十二为霍乱痉阴阳易差后病；卷十三至十六为诸可与不可各篇。
十三、涪陵古本
涪陵古本，又称四川古本，是20世纪30年代后发现的《伤寒杂病论》抄本，1934年曾石印公之于世，但流传不广，见之者少。该书伤寒部分为《唐本伤寒论》，杂病部分则是在《金匮要略》基础上，又从《脉经》、《千金方》中选取有关内容增补而成，于仲景书中增加证论百余条，补充方剂百余首，皆为临证必备。此本对深入研究《金匮要略》和运用《千金方》有一定的参考价值。此本与长沙古本、宋本、桂林古本合称四大古本伤寒论。
