南宋绍兴三年（1133），江苏吴郡沙门茅子元创立白莲宗，初为佛教一支，教义源于净土宗，崇奉阿弥陀佛（无量寿佛）。该教信徒因“谨葱乳，不杀不饮酒”，被称为白莲教。到了元代，该教渗入了其他宗教观念，主要是弥勒下生说，逐渐转为崇奉弥勒佛，改称白莲教。
早期的白莲教崇奉阿弥陀佛，提倡念佛持戒（不杀生、不偷盗、不邪淫、不妄语、不饮酒，合称五戒）以求往生西方净土，教义与净土宗大致相同。茅子元采用天台宗教理，绘制《圆融四土三观选佛图》，用佛像、图形和比喻来解说佛土的高低；简化并统一前人制作的念佛修忏仪式，制定《白莲晨朝忏仪》。茅子元将其改为师徒传授、宗门相属。他在昆山淀山湖建白莲忏堂，自称导师，坐受众拜，又规定徒众以“普觉妙道”四字命名，从而建立了一个比较定型的教门。
元末韩山童、刘福通，明代赵全、徐鸿儒，俱是此教中人。是以白莲教三字，在朝廷眼中，几乎便是反叛的同义词。白莲教产生之初曾遭到官方禁止，茅子元被流放到江州（今江西九江）。但因教义浅显、修行简便而得以传播。到南宋后期，甚至远播到蒙古族统治下的北方。元朝统一中国后，白莲教受到朝廷承认和奖掖，进入全盛时期。庐山东林寺和淀山湖白莲堂是当时白莲教的两个中心。
白莲教以“普化在家清信之士”为号召，形成一大批有家室的职业教徒，称白莲道人。因为他们“在家出家”。堂庵供奉阿弥陀佛、观音、大势至（合称弥陀三圣）等佛像。
经过长期流传，白莲教的组织和教义在元代起了变化，戒律松懈，宗派林立。一部分教派改奉弥勒佛。至大元年（1308），朝廷忌白莲教势力过大，下令禁止。经庐山东林寺白莲堂主僧普度奔走营救，白莲教才在仁宗即位（1311年）后恢复合法地位。及至至治二年（1322），其活动又被限制。
此后许多地方的白莲教组织对官府抱敌对态度，外加其信徒多为下层群众，故当元末社会矛盾激化时，一些白莲教组织率先武装反元。红巾起义领导人韩山童、刘福通、徐寿辉、邹普胜等都是白莲教徒，他们以明王（即阿弥陀佛）出世和弥勒下生的谶言鼓动群众，产生很大影响。
明初严禁白莲教。洪武、永乐年间，川、鄂、赣、鲁等地多次发生白莲教徒武装暴动，教义、仪轨颇多歧异，信奉的神极为繁杂，有天宫的玉皇、地狱的阎王、人间的圣贤等等，最受崇奉的是弥勒佛。各教派撰有自己的经卷，称为宝卷。统治者认为这些不同的教派实际上仍是白莲教，民间也笼统地称它们为白莲教。
在南宋，由于白莲教在总体上还未脱离正统佛教窠臼，因此还为统治者所容纳。元代，由于教内各阶层人群所处的地位不同，追求目标也就发生了明显的分歧。一派以茅子元正宗流裔自居，在宗教学说及其实践上，继承茅子元的衣钵，政治上和元统治者合作；另一派则完全背叛茅子元倡教宗旨，与下层民众运动相契合，走上了反抗元政权的道路。元顺帝至正十一年（1351），元朝政府强征民夫堵塞黄河失口，引发了全国规模的白莲教大起义。
起义军以“弥勒下生，明王出世”相号召，受到不堪元朝统治的广大民众的积极响应，迅速席卷全国。至正二十八年八月，明军攻入大都（今北京）推翻了元王朝。朱元璋深知白莲教造反的意义，在自诩“大明王”登基称帝后，立即颁布取缔白莲教的禁令。但是，白莲教却并未因此而全然敛迹，经过明前期的南北融合之后，反而出现了暗地流传的盛况。明建国后，白莲教徒起事造反几乎接连不断。
明末天启时期有徐鸿儒、王好贤领导的起义，后被山东巡抚赵彦、登莱巡抚袁可立等镇压剿抚下去。清进关入主中原后，白莲教徒往往多以民族利益为重，倡言“日月复来”，举起反清复明的旗帜，从而遭到清廷严刑峻法的禁止。但是，在顺治、康熙、雍正三朝及乾隆时期，白莲教的反清复明活动，始终没有间断过。
