关于古越族的来源，学术界主要有两种不同的意见。一是认为越族源出于中原诸夏族，是诸夏族的后裔，即“越为禹后说”；二是认为越族是由当地原始先住民发展形成的，即“土著说”。
史籍依据
持“越为禹后说”者，主要以司马迁《史记》中的《夏本纪》、《越王勾践世家》以及《吴越春秋》、《越绝书》等历史文献为依据，认为越王勾践的祖先，是禹之苗裔、夏后帝少康之庶子无余的后代，之后形成分支散布南方各地而成"百越"。
有学者根据《史记·越王勾践世家》等史籍有这样的描述：“公元前333年，楚威王兴兵伐越，大败越国，尽取吴越之地。” 认为，自此越国人流散到南方一带，分化成众多的支系，故而从这个时候开始，文献中便出现了“百越”这一个新的称谓。
不过，据科学技术的测定与考古的深入，该"百越源于越囯分化"的观点难以信服。
研究百越族的中国学者宋蜀华认为：“勾践的祖父夫镡以上至夏少康庶子无余，世系不清楚；夏少康经商至周敬王共60余代，两者世系相差近1000年，把越王勾践说成是夏少康的后裔，实难信服”。
此外，宋蜀华也认为夏文化和越文化截然不同，因为：“夏人活动地区从未发现过‘印纹陶文化’，而‘印纹陶’流行地区也从未发现过‘二里头文化’”。
考古研究
持“土著说”者，主要以考古资料和史籍的考证为依据，认为越的世系找不出勾践是夏少康后裔的直接证据，中原夏族和南方越族姓氏不同，彼此世系不清；诸夏族和古越族的分布地区也明显不同；古越族的文化特点也明显不同于中原族群。
对于古越人从何而来的问题，厦门大学人类学与民族学系教授蒋炳钊表示比较认同“土著说”，即百越族群是由当地原始先民发展形成的。
其理由是，大量考古资料证明，在百越各族登上历史舞台之前，早在几十万年以前的旧石器时代和新石器时代早、中期以及四五千年前的新石器晚期，那里已有人类活动的遗迹。
萌芽于新石器时期的南方印纹陶已经被考古学界认定为分布在长江以南的古越文化遗存。
考古学家将印纹陶分布区分为宁镇区、太湖区、赣鄱区、湖南区、岭南区、闽台区、粤东闽南七个次文化区，这与秦汉以后百越族几个组成部分的分布基本吻合。
这几个文化区都曾是古代越族的世居地，这同中国东南沿海新石器文化的分布是一致的。
据国际科学杂志《科学》发表的“亚洲人群遗传多样性研究”成果，全基因组基因分型研究表明，在距今3万至4万年前，亚洲人开始从东南亚往北迁徙，逐渐遍布整个东亚直至中亚地区，形成了如今的东亚人群。
对中国历史而言，这意味着，古代黄河流域的北方人祖先是先到达了南方百越，在南方那里繁衍，此后再往北迁徙进入黄河流域，创造出灿烂的中华文明。
