近现代时期，外蒙古独立成为蒙古国，内蒙古成为中国最早的自治区。
沙俄在18世纪就对蒙古怀有领土野心。其官方刊物曾公开声称，俄罗斯在外蒙古有特殊使命，戈壁沙漠是帝国远东和东南部的天然边界。
不过，当时沙俄的侵略重点在于鲸吞整个满洲（中国东北），对外蒙古的入侵还放在次要位置。1840年鸦片战争以后，特别是1860年清朝政府被英法联军打败，沙俄强迫清廷订立了许多不平等条约，从中国割占去大片的领土，并在蒙古地区攫取了许多特权。
1904—1905年，在辽东半岛爆发了日俄战争。结果沙俄在同日本争夺中国东北的战争中失败，遂与日本签订了划分南北满洲势力范围的密约，把南满让给日本，换取日本承认它在外蒙古的“特殊利益”。
1919年初，外蒙古的历史发生了重大转折。受俄国十月革命的影响，蒙古人民革命领袖苏赫巴特尔和霍尔洛·乔巴山，在库伦先后成立了两个革命小组。不久这两个革命小组合并为一个统一的革命组织，即蒙古人民革命党。
1920年夏，在中国由英、美操纵的直系军阀，打败了执政的亲日的安福系军阀，这就使日本失去了在蒙古进行阴谋扩张的条件。
因此，日本决定利用被苏俄红军击溃后逃窜到中国东北的残余部队，在蒙古为自己攫取地盘。同年10月，温甘伦男爵带着800名将士组成的骑兵师进入蒙古境内，利用蒙古人民对徐树铮军事独裁统治的不满情绪，得到了蒙古封建王公和一部分不明真相的人民群众的支持。
1921年2月3日，温甘伦的匪军击溃了中国驻军，占领了库伦。2月15日，温甘伦扶植第八世哲布尊丹巴重新作了蒙古皇帝，成立了自治政府，政府的成员由温甘伦指派。
1921年3月1日，蒙古人民革命党在俄共的帮助下，在俄罗斯境内的恰克图召开了第一次代表大会，讨论通过了“进行反帝反封建的人民革命，解放民族，把政权移交给人民大众，进而改造社会生活”的第一个奋斗纲领。
对于蒙古的独立，当时的中华民国政府未予承认。1924年，中华民国政府与苏俄政府签订《解决悬案大纲协定》，仍规定外蒙古为中国领土的一部分，中国享有领土主权。但由于中国国内爆发了北伐战争，北洋军阀忙于打仗，解决悬案的谈判不了了之。
1924年5月，第八世哲布尊丹巴病死。一个月后蒙古取消君主立宪政体，建立共和制，成立蒙古人民共和国。从1924年起，外蒙古政府宣布对外闭关，断绝了同中国的一切来往。
蒙古的国际地位是在第二次世界大战结束以后确立的。
1945年2月，美国、英国、苏联三国达成了关于苏联参加对日作战的《雅尔塔协定》，美、英为了促使苏联早日出兵迫使日本投降，一致同意苏联提出的在协定第一条写上“外蒙古的现状须予维持”，美国答应为实现此项条款，说服中国政府承认外蒙古的独立。
1945年10月，国民党政府派内政部次长雷法章到外蒙古“观察”全蒙古人民公决独立的投票。
投票从1945年10月10日开始，至1945年10月20日结束，参加投票的公民494074人，赞成独立的489291人，其余为弃权票。也就是说明99%的选民赞成独立。中国国民党政府在1946年1月5日发布正式公告，宣布外蒙古独立。
1947年5月1日中国蒙古族在乌兰夫领导下建立内蒙古自治区，成为中国建立最早的一个自治区。以后又相继成立了9个自治州、县。乌兰夫当选主席。
1949年中华人民共和国建立。继苏联承认中华人民共和国中央人民政府，率先与新中国建交之后，蒙古人民共和国于1949年10月16日同中华人民共和国建立了外交关系。
20世纪90年代前后，受苏联解体和东欧剧变的影响，蒙古人民共和国废除马克思列宁主义，改称蒙古国。政治上开始实行多党制，经济上实行市场经济，开始摆脱苏联70年的控制，人们在思想上掀起了恢复民族文化的浪潮。
