龙游石窟由于本身无一字记载、无一物佐证，所以谜团丛生，谜面众多。《江南游报》以“谜，至今无解”作了整版报道；兰溪民办研究所李紫贤先生对此列出了一百个无解之谜。总之，要解开这些谜团、谜面，仅仅依造常规知识确有困难。
于是，就有了诸家之说，归纳起来，不外乎采石说、陵寝说、仓库说、藏兵说，并以此四说最普遍、最典型。其实，熟悉或了解龙游石窟的人士都知道，这四说，无论哪家之见，都无法各圆其说。以采石说为例，第一，若要采石，为何不露天采石，而要往地下采石？通风、采光、运输应该说露天方便多了：第二，若是采石，洞内穹顶、四壁、石柱何必要刻凿得如此匀称、流畅、均衡，极其壮观和完美？第三，若是外运造房屋、筑城墙，以每个石窟平均2万立方米石料和现己发现的80个石窟计算，就有160万立方米石料，如此浩大的工程，确“非万者莫为”，又为何无一字记载？
再以仓库说为例，古姑蔑经济再繁荣发达，需要这么多仓库来存放货物吗？何况洞中湿度大，棉帛之类极易霉烂；那么高大的洞窟，储藏的利用率极低极不合算，于常理常情不相符合。至于藏兵说，更不值得一驳，这些石窟只有一个通道，敌兵只需一夫挡关，就万窟莫开了；凡要藏兵，须有退路：若无退路，只有死路。陵寝说是和巨石文化及地下金字塔说联系在一起的，尤其是参考埃及金字塔的用途作出的推测。再说，目前由于所有的石窟均没有挖掘到底层，所以还不能排除陵寝说。
此外，还有一个关键问题大家没有注意到：那就是所有石窟几乎都没有投入过使用，有的还没有完成，仿佛一夜之间就放弃了。就象玛雅人建造在墨西哥丛林中的金字塔群一样，造好后，突然放弃而消失了，给后人留下一个难解之谜。龙游地下石窟群也是这样的命运，这样的谜。由此可以知道：这说那说，恐怕大多为无稽之说。
倘若我们能解放思想，丰富想象，活跃思维，大胆引用外星文明在地球上曾留下大量超文明遗迹的观念，包括埃及金字塔、复活节岛的巨型石像，大马士革北部的巴勒贝克平台，蒂瓦纳科神庙的太阳门、英国巨石阵等等。那么，无解之谜就成了易解之迹，有解之谜，就能使我们拔开迷雾见太阳。由此可见：龙游石窟之谜是和世界巨石文化之谜联系在一起的：并不是孤立的、偶然的。
总之，龙游大型地下石窟群，使每一位前去考察的人们不得不敬畏于外星文明的伟大创造。它的辉煌和美丽，令人陶醉和入迷：它的神秘和深邃成为一个扑朔迷离的热门话题；它的古朴和悠远，让人赞美巨石文化的永恒。
