伊藤博文早就想废掉高宗，海牙密使事件正好给了他机会，于是他开始追究高宗违反保护条约的责任。光武十一年（1907）7月3日，伊藤进宫声色俱厉地对高宗说： “陛下与其以如此阴险手段蹂躏日本的保护权，不如对日本发布堂堂宣战文告更便捷”，“陛下若想抵抗日本，不必秘密进行，大可以公开干”。伊藤还唆使韩国卖国组织“一进会”开展要求高宗退位的活动。在伊藤的嗾使和恫吓之下，李完用内阁于7月7日至18日举行3次御前会议。会上农商工部大臣、一进会头目宋秉畯对高宗进行威胁说：“今为陛下着想，只有两计：一则陛下亲赴日本，向其（天皇）谢罪，二则陛下出大汉门，亲迎长谷川司令官，向其谢罪，不然开战败后将如何受辱，难以设想。”7月17日，李完用等七大臣逼迫高宗退位，高宗忍无可忍，拍案怒斥道：“卿等欲将朕卖与统监乎！”同日日本外相林董抵达汉城，和总理大臣李完用一起逼高宗退位，高宗则坚称自己与海牙密使事件无关，拒绝退位，双方僵持不下。7月19日凌晨3时，高宗被逼无奈，宣布“军国大事令皇太子代理”，日本人却诡称韩国皇帝已经退位。伊藤和李完用等人仍不善罢甘休，继续逼宫，光武十一年（1907）7月19日，日军在汉城南山倭城台正对着庆运宫驾设6门大炮，并派日军包围庆运宫，强行将皇太子代理听政仪式变为禅让仪式。7月20日上午10时，在日本兵严密看护下，庆运宫中和殿举行禅位仪式。这个禅让仪式乃是以所谓“权停例”举行，高宗和太子都没有出席仪式，而是以宦官作为替身代行，而且匆忙结束，过程“至极简略”。翌日，日本首相西园寺公望按照伊藤博文的请求，以天皇的名义致电庆贺新帝即位，并迫不及待公布于世界，致使高宗的退位变成既成事实。8月27日，皇太子李坧正式即位，改元隆熙，是为朝鲜王朝最后一位君主——纯宗。
高宗虽然被逼退位，但是内心非常不满，在退位后的一段时间怀着强烈的复辟的念头，企图依靠宫内府大臣朴泳孝等人的力量夺回皇位。高宗自始至终没有说出“退位”二字，而是以“代理”的名义让纯宗接管政务，却被日本人曲解为“退位”而公之于众。当时来韩处理高宗退位事件的日本外相林董称高宗在退位诏书中使用“皇太子代理”的语句，意在“为了日后再次恢复君权而留下回旋余地”。日本迅速采取措施，逮捕朴泳孝等人，高宗也被日本控制，其复辟之望因而断绝。高宗退位还引发了韩国国内的轩然大波。据伊藤博文的报告称，高宗让位时“京城之人心更为躁动，特别是侍卫队（近卫队）甚为激昂，同日（7月19日）他们筹划夜半闯入宫中，杀害在宫中的各国务大臣，其形势极为不稳”。 7月18日，汉城市民2000余人走上街头，举行游行示威活动，反对高宗退位。“大韩自强会”、“同友会”等爱国团体也在汉城街头到处发表演说，痛斥日本的侵略罪行。人民砸烂了“一进会”的机关报《国民新闻》社，破坏了该社的建筑与印刷机。次日，数千人坐在庆运宫大汉门外，高呼“皇帝陛下不要退位！”“斩杀卖国叛逆！”他们与日本军警发生冲突，双方伤亡数人，不少韩国军人也加入了汉城钟路的集会，并用手中的武器抗击前来镇压的日本警察。这一天，群众捣毁了钟路派出所，焚毁李完用的住宅。日本“已排置机关炮四门，又以车载弹药，如赴战场，韩民遂不敢动”。由高宗退位引发的一场骚动便平息下去了。
（8）晚年生活
高宗被迫退位后，被尊为太皇帝，被日军监视居住于庆运宫内。纯宗李坧比他的父亲高宗更软弱，日本在高宗退位4天后就强迫韩国签订了《丁未七款条约》（第三次日韩协约），解散了大韩帝国军。高宗的儿子英亲王李垠被伊藤博文带到日本接受教育。隆熙四年（1910）8月22日，日本强迫韩国签订《日韩合并条约》，大韩帝国灭亡。韩国皇帝李坧、太皇帝（太上皇）李熙和皇太子李垠被授予日本皇族的身份，高宗的封号降为“德寿宫李太王”。高宗常常夜不能寐，在深夜里追忆不堪回首的政治生涯，短叹长嗟直至清晨日出。据高宗晚年宠幸的三祝堂尚宫金氏（金玉基）和德惠翁主乳母的回忆，高宗那时候“本来晚上睡觉就不好，自从被日帝强迫退位以后，失眠越发厉害，要到清晨听到喜鹊叫声才能勉强入睡”。尽管已经沦为亡国奴，高宗仍然企图挽回国家主权。大正六年（1917），李垠从日本归国，日本打算将日本皇室之女嫁给李垠，以便长久控制朝鲜王族。为此，日本驻朝总督长谷川好道与纯宗外戚尹德荣亲自找高宗说媒，要求李垠娶日本梨本宫亲王之女方子为妻，不料却被高宗以李垠12岁时就与韩国旧臣闵泳敦之女闵甲完订婚为由而拒绝。后经多次威逼，才同意他们的婚姻。大正七年（1918）底，日本殖民当局又发起所谓“韩人签名运动”，以请愿书的形式表明全体朝鲜人甘愿做日本帝国的臣民，否认独立的愿望，以成为以后日本对其他列强表明自己的合法性的依据。他们还要高宗加盖玉玺，却又一次被高宗所坚决拒绝，事情竟然泡汤。经过这两次事件之后，日本对高宗提高了警惕，欲除之而后快。
大正七年（1918）11月，第一次世界大战结束，协约国决定召开巴黎和会。美国总统伍德罗·威尔逊提出“十四点原则”，表示维护殖民地和弱小国家的利益。这又给高宗和朝鲜人民以复国之希望。而日本害怕海牙密使事件重演，便加紧对高宗的监控。大正八年（1919）1月21日凌晨6时，高宗突然在德寿宫咸宁殿去世，终年六十八岁。关于其死因，日本朝鲜总督府公布为“脑溢血发作”，但是没有病理报告，自然不太可信。坊间盛传是因为高宗计划向巴黎和会派遣密使，代表朝鲜民众诉说在日本殖民统治下朝鲜的苦难，要求朝鲜独立，但是这一计划被泄露了，所以日本总督长谷川好道命令尹德荣让宫内一个名叫安商浩的医生配好砒霜，又命宫中女官将毒药放入红茶中毒杀高宗。高宗去世当晚用了解毒的醋，不久便毒性发作，痛苦地说“我吃的是什么东西，这么难受”，不久便死去，死后两眼发赤，全身有红斑，且很快腐烂。此说也有很多疑点，包括去世时间（凌晨已过用膳时间），以及尸体很快腐烂，因为中毒时间为冬天，且若是毒死，以当时的药学水平，无非砒霜水银鸦片之类，尸体应该有其他异象，而不是腐烂速度加快。不过以日本人一贯的阴险狠毒来看，下毒之说的确很有可能是真的。紧接着第二天，发生了一件更诡异的事情。昌德宫发生了炸弹爆炸事件，两名宫女被炸死。据说这两名宫女是给高宗投毒的目击者，为了杀人灭口，日本人策划了爆炸案。高宗去世时，日本官方只发布号外，称李太王病重，但死讯已经泄漏于世，大街小巷议论纷纷。1月23日，日本殖民当局见无法隐瞒，发布了李太王于1月21日凌晨6时因脑溢血发作而死亡的消息，并特许朝鲜人“望哭”7日。大正八年（1919）3月1日，在为去世的高宗举行国葬的时候，朝鲜人民借悼念这位一生经历坎坷的君王的机会，在各地聚集游行，要求朝鲜独立，是为“三一运动”，是朝鲜近代独立斗争的一个重要转折点。
李熙死后，李王职（日本殖民时期特设的管理前韩国皇室事务的机构）为他选定的庙号共有3个：高宗、神宗、敬宗，最后定为高宗，谥号则为定为“文宪武章仁翼贞孝太皇帝”。庙号、尊号和谥号合称为“高宗统天隆运肇极敦伦正圣光义明功大德尧峻舜徽禹谟汤敬应命立纪至化神烈巍勋洪业启基宣历乾行坤定英毅弘休寿康文宪武章仁翼贞孝太皇帝”，与明成皇后合葬于洪陵。
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