公元1681年的冬季，清朝军队进驻云南省城昆明，吴世璠被逼自杀，历时八年的三藩之乱宣告结束。自从云南收复之后，清朝政府所面临的最大问题是该如何善后了，以及如何着手处理吴三桂反叛余孽及其部署的诸多事宜。康熙帝的宗旨是本着惩治首恶、宽宥胁从的政策，根据罪行轻重予以区别对待。
首先是重惩吴三桂党羽。康熙二十一年正月，议政王大臣会议作出决定，将吴三桂的尸骸分发各省，传示天下;刑部将吴世璠首级悬挂示众;逆党马宝、夏国相、李本深、王永清、江义等，俱凌迟处死;高起隆、张国柱、巴养元、郑旺、李继业斩首示众，妻女财产籍入官。四月，兵部上奏将胡国柱、王绪、李匡等情罪重大者子弟悉行处斩，妻女、家口一律送交内务府。
其次是从叛官员从宽免死，革职回籍。康熙二十一年六月，言官上书参奏王辅臣之子原太仆寺卿王继贞、原任总兵官郭义论罪正法。但康熙下旨认为他们之罪行为“从贼”，予以赦免死罪，令革职放回原籍，以示宽典。当年十二月，康熙再颁谕旨，对那些在三藩之乱中有效力朝廷的官员，酌情给予留任。
至康熙二十二年二月，朝廷对吴三桂部署的处理基本结束，涉案官员官员共有240人，除广西巡抚陈洪明等极少数“情殊可恶”者，被流放宁古塔、籍没财产外，其余皆归养故里，不予追究。
最后是遣散吴三桂藩属。康熙二十一年四月，康熙帝下旨将吴三桂亲属、家口，及其将军、总兵、副将以上者随清军分六次入京，参将、游击以下低级军官令直接分发河南、山东、湖广、江西四省安插。这既体现了朝廷的宽大政策，又使得叛逆者无法再聚众谋乱。
其后，清廷又将吴三桂部分兵丁前往东北开原县的尚阳堡台站服役。同时又规定：“凡系逆犯应行入官匠役、家属、人口，有私自入京者，令其送到部，若已私自放出为民者，亦令呈首，嗣后隐匿不报者，交部从重议处，系民人照例拟罪。”
持续八年的三藩之乱尽管给清廷带来了严重的打击，但对于康熙来说也是一次难得的机会。他借着平定三藩的机会在制度上作出了一些重大的调整，有力的集中了皇权。
魏源曾说：“我朝自平定三藩之后，不复以兵权、土地世予臣下，凡元功亲王，毕留京师。宗室自亲王以下至奉恩将军凡九等，有俸有庄田;功臣自一等公以下至恩骑尉二十六等，世袭有差。”“虽各有提镇、驻防将军，掌兵权而不擅财赋，与文臣互牵制。于封疆有其名而无其实，于藩镇收其利去其害，损益百王二千年之法，至是而大定。”
也就是说，自三藩之乱后，朝廷收回了原先地方上的藩镇势力，地方上的将军、提镇定时入京朝觐，兵权集于朝廷，像吴三桂、耿精忠、尚之信之前不朝心生骄妄，以致反叛的事情就此杜绝。
三藩之乱后，藩属尽归朝廷，清廷自入关以来三十余年的藩兵制度宣告结束，军队编制由此定型。在撤藩的同时，清廷又将一些从叛的悍将所部给予分别处置。如孙延龄部被收归汉军旗下，王辅臣部被裁撤，从而使军队的中央隶属性大大增强。
此外，清廷还在边疆与地方重镇增设八旗与绿营驻防。康熙十九年，康熙帝撤除平南、靖南二藩后，在广州、福州设八旗驻防军，开始对军队进行整顿。康熙二十年十二月，议政王大臣便以云南恢复，提出在湖广的荆州、陕西的汉中设兵驻防。并议定：荆州设八旗将军一人，副都统二人，八旗兵3600余人;汉中设将军一人，副都统二人，兵员3000人。在广西和云南，清廷则加强了绿营兵力。
清廷在荆州、汉中、西安等地派兵驻防，是在总结三藩叛乱之后，以加强对全国统治的一项有力措施。尤其是在居天下之中的荆州派驻防八旗六千余人，使之成为天下第一重镇，大大增强了清王朝统摄全国的威力。而此后，清廷以直隶于朝廷的官军驻防，于广州、福州等地设八旗驻防成为定制，更直接加强了中央的集权统治。
