说到这个问题，其实要从多个方面来综合判断。首先南方很多地区是不适宜耕种的，就以广东地区为例子，广东自古就属于南蛮之地，但是祠堂却是非常盛行的，主要就是因为地理条件十分恶劣，所以当地的人对祖先就这更深的感情。而且话说回来，早期很对北方有很多被派往南方的官员，地处他乡，难免会思念家乡，所以在传承这里就各位的注重了，不断的修建祠堂来提醒自己以及后代自己的根在哪里。
第二，南方现在保留的祠堂，大部分建成于明清时期。研究过历史的人都知道，从南宋开始，我国的经济重心开始由北向南转移，经过几百年的发展演变，我国的经济中心最终在南方得以确立。南方先后出现了著名的徽商、浙商、粤商等等。而祠堂的建设、修缮以及保护是一个宗族综合实力和经济实力的体现，宗族汇总不断出现的高官、富商对保护祠堂有着尤其重要的意义。所以，从经济实力上来说，南方更有保护宗族祠堂的实力。
第三，修祠堂容易，维护祠堂可是件难事。北方作为政治中心，向来是兵家必争之地，所以战乱频繁、农民起义不断。比如五胡乱华时期，北方的人口消失了1500万以上。家族都灭亡了，还怎么会有祠堂。并且战争以及之后的饥荒和疾病，进一步加剧了人口的流动，这也就使得很难有连续几代、十几代的家族安稳地生活在一个地方。再加上外部契丹、女真、匈奴这些凶悍的少数民族对内地的袭扰一直不断，所以北方人一直把生存作为第一需要，而无法在祠堂的维护上费太多心思。而南方就相对稳定一些，在五胡乱华时期，南方虽然也有朝代更替、但没有大规模的战乱和屠杀，所以祠堂也就维护得更好一些。
第四，文化大革命时期，祠堂成为了四旧的代表性符号，北方相比起南方来，更接近政治中心，所以受到的冲击也就更明显。而同一时期的南方，祠堂虽然也受到了一定的冲击，但是由于南方人普遍存在的宗族意识，所以想尽一切办法将祠堂保留了下来。比如皖南赣北有些祠堂，当地人将食堂设在了里面，这就巧妙地躲过了一劫。
综上所述，之所以祠堂在北方不如在南方常见，一是因为南方宗族观念更强;二是因为北方战乱频繁，再加上一些天灾，所以祠堂不容易保留下来。三是因为北方是政治中心，所以文化大革命的时候受影响比较严重，而南方受政治的影响较小一些。四是因为经济重心后来移转到南方，南方对祠堂的维护投入的更多一些。
