在公元六世纪初期，罗马拜占庭帝国与波斯帝国在广袤的中东平原上打的是如火如荼。拜占庭帝国的皇帝查士丁尼一世甚至是将所有的心思全部都放在了与他国的战争之中，但是他却不知道的是，一场即将摧毁整个地中海地区的灾难即将现身。
541年的秋天，在拜占庭的北非领地，有一个叫培琉喜阿姆的小镇，这个小镇上有一个人，一个普普通通的居民。有一天，他生病了，但仅仅是发烧而已。后来，他开始出现幻觉，大腿生出脓包，后来还一直吐血，直至死亡。他感染了瘟疫!但在当时并没有引起重视，成为了人们茶余饭后的谈资，甚至是吓唬孩子的鬼故事。就这样，这场灾难在人们的忽视下席卷了埃及的明珠——亚历山大里亚，接着，以排山倒海之势席卷了整个东罗马。
542年春，瘟疫在拜占庭首都君士坦丁堡肆意横行了四个月。
558年，瘟疫再一次“垂青”了君士坦丁堡这个人间地狱。
571—573年，瘟疫再次袭击意大利、高卢辖区及君士坦丁堡。
590—592年，瘟疫在帝国境内再次爆发，罗马城首当其冲遭到残害。597年在塞萨洛尼卡地区爆发，两年以后又传播到了君士坦丁堡(君士坦丁堡真是太惨啦!太惨啦!)
至此，历史上第一次有明文记载的瘟疫——查士丁尼瘟疫在反反复复五次重创整个地中海地区之后，便销声匿迹。可是它带给帝国的伤害，却是痛苦而深刻的。
每个人感染瘟疫后的症状不尽相同，最一开始时有的人高烧不退、有的人紧张焦躁、有的人出现幻觉觉得自己十分口渴，一头扎进装满水的大缸，就再也没有出来。而所有感染瘟疫的人身上都会出现黑斑、脓包。瘟疫从下层贫苦百姓一直到上层贵族阶级，死者有老有少有贵有贱，甚至于拜占庭皇帝查士丁尼也无法幸免。
瘟疫对妇女的影响尤为强烈，因为她们在孕期时体质脆弱，更易受到瘟疫感染。感染瘟疫的孕妇，或是难产而死，或是分娩后与孩子一起离开人世。根据普罗柯比的记载，孕妇存活的几率基本为零。但仍存在有三个孕妇活下来的记载，虽然她们的孩子都死了。
今天，我们可以从普罗柯比等史家的记载中，通过面部红肿、喉咙出血、淋巴腺肿大、出现黑色脓包来判断该次瘟疫为腺鼠疫或者腹股沟淋巴结鼠疫。它是由老鼠身上的跳蚤所携带的鼠疫杆菌进行传播并引起感染性发烧的烈性疾病，当然还可以通过感染鼠疫杆菌病人的咳嗽来传播。而在当时，这些基督教史学家却将瘟疫的原因视为“上帝的惩罚”。
据当时的史料记载，查士丁尼统治时期，由于瘟疫，丧生了五十余万生命，也就是说，平均四个人当中就有一个人失去性命。最先发生疫情的亚历山大里亚和培琉喜阿姆死者众多，而在埃及的某一个村庄里，全村仅有一个10岁的小男孩得以幸免，叙利亚的情况更为糟糕，多数村庄空无一人。而作为多次遭受疫情的拜占庭首都，君士坦丁堡情况更是惨不忍睹：571年瘟疫复发，单是在一个星期日就从圣彼得大教堂抬出300余具尸体;573年，平均每天都有3000居民去世;599年，君士坦丁堡共死亡318万民众。
瘟疫刚刚爆发时，所有的墓园埋葬的都是感染瘟疫的死者，随着死亡人数的不断增加，所有空地都用来埋葬死者。没有地方安葬的死者被随意扔在空地，堆积成尸山。人们还把众多的尸体装上船，让船飘向远方，腐败的尸体发出恶臭，随着风又飘回君士坦丁堡，到了后来，首都的塔楼里也被用来放置尸体。
以弗所人约翰写道：“所有的居民都像美丽的葡萄一样被无情地榨干、碾碎。”“从叙利亚到色雷斯，在收获季节里居然没有人收获谷物，城市的街道也看不见人影。”
拉塞尔认为：这场反反复复五次的瘟疫使得拜占庭的人口减少了40%到50%。这巨大的损失无疑使这个羸弱的帝国雪上加霜。在前工业时代，人口的多寡是决定一个国家实力强弱的重要因素。瘟疫直接带走的生命不计其数，这就为日后拜占庭帝国的衰亡埋下祸根，虽然之后继任的皇帝励精图治(例如希拉克略)，却始终没有办法回到查士丁尼时代的辉煌。
这其中，由于瘟疫主要是发生在春夏之际，正值播种犁地和庄稼生长，瘟疫的到来使得庄稼大大减产，很多免遭瘟疫毒手的居民往往因为饥荒而失去性命。由于粮食大量减产，谷物作坊与面包房停止工作。食物短缺造成严重的通货膨胀，萨里斯指出，公元6世纪末，一个成年男子维持日常生活所需的每日铜币的基本需求量是6世纪初的2.5倍到3倍。
人口的锐减造成兵力的不足。因为瘟疫反复五次发生，在第一次瘟疫中侥幸活下来的人们身体中产生抗体，就不会被瘟疫感染。因此，每次瘟疫带走的生命中，以青壮年为主。经历过多次瘟疫的埃瓦格里乌斯写道：“在大瘟疫最初爆发的时候, 我还是个小学生, 但是在随后的几次瘟疫中, 我失去了我的子女、妻子、仆人和住在我家里的其他一些人……大约两年前瘟疫第四次波及了安条克，在这次循环中, 除了之前失去的亲人, 我又失去了一个女儿和她生育的儿子。”乔纳森在《剑桥拜占庭史》中写道：在瘟疫发生前，帝国一支军队出征时人数通常保持在2.5万到3万人，而到7世纪初，帝国很难派出一支超过1万人的部队与阿拉伯人作战。查士丁尼时期，由于瘟疫，国家已经抵挡不了斯拉夫人和阿瓦尔人的进攻，查士丁尼只能赶紧召回已经退休的贝利萨留;而578年提比略当上拜占庭皇帝时，国家仅剩6400名士兵，军队明显的强弱差异，使得此时的拜占庭丧失了大量西部领地。
此外，瘟疫对帝国经济的发展也产生了毁灭性的打击。这消极的影响一连串地发生：人口大量减少导致对商业产品需求量的减少，而君士坦丁堡地处亚非欧交汇地带，一直是繁华的商业中心和交通要塞。而商业的萧条，使得城市的规模逐渐缩小，君士坦丁堡没了往日的繁华。
瘟疫造成统治集团内部的恐慌。前面已经说到，瘟疫不仅仅感染了百姓，就连查士丁尼，拜占庭的皇帝也无法幸免。他陷入了长久的昏迷，贵族集团在这个时候蠢蠢欲动，准备拥立贝利塞琉称帝。虽然贝利塞琉曾经发誓不会在查士丁尼活着的时候篡位，但现在查士丁尼生死未卜，谁都在观望这位“未来的皇帝”的态度。这个时候，查士丁尼的妻子，皇后狄奥多拉出来主持政务，她紧急召回贝利萨留，杀掉了企图谋反甚至是她觉得企图谋反的人，稳定了政局，直到查士丁尼醒来。
这位伟大的皇帝醒过来了，却依然无法挽救瘟疫带来的伤害。
