蒙古人所崇拜的图腾有狼、鹿、熊、牦牛、鹰、天鹅、树木等等。《蒙古秘史》开篇第一句话这样写道：成吉思合罕的祖先是承受天命而生的孛儿帖赤那和妻子豁埃马兰勒，即蒙古人所崇拜的图腾狼和鹿。
此外，受中原汉文化的影响，蒙古民族也崇拜龙，还有的部族有树木图腾崇拜、牦牛图腾崇拜等等。各种图腾神话反映了蒙古民族特点及与北方各民族、特别是阿尔泰语系各民族神话的许多共通之处，体现出他们之间相互交融的密切联系。
狼图腾
蒙古民族的狼图腾最早只是古代乞颜部落孛儿只斤氏的图腾，这在《蒙古秘史》和《蒙古源流》中都有记载。经过数百年的演绎，狼图腾被人们当成了整个蒙古民族的图腾。
《蒙古秘史》开篇明确写道：“成吉思合罕的祖先是承受天命而生的孛儿帖赤那（苍色狼)和妻子豁埃马兰勒（白色的鹿）一同过腾汲思海来至斡难河源头的不儿罕山前住下，生子名巴塔赤罕”。反映了唐代末期，两个以狼、鹿为图腾的蒙古部落姻族从额尔古纳河西迁的重要史实。而《国语·周语》记载：“穆天子西狩犬戎，获其五王，得四白狼四白鹿以归”。史学家翦伯赞考证：“白狼白鹿是当时的氏族”。
《蒙古源流》记载，成吉思汗在围猎中特降旨对“郭斡玛喇勒”（草黄母鹿）和“布尔特克沁绰诺”（苍色狼）这两种野兽放生，可见是作为神兽加以爱护的。《多桑蒙古史》记载，窝阔台将一头狼放生希望为自己增寿，不想狼却遭“猎犬群起啮杀之”。窝阔台当时就觉得这是个不祥之兆。果然，他不久就去世了。
鹿图腾
蒙古萨满认为鹿能显灵，可以驱魔镇邪。内蒙古巴尔虎、察哈尔、科尔沁等地区萨满巫师所戴的帽子都用铁皮制成鹿角加以装饰，所用的青铜镜和法鼓也都刻画着鹿的形象，说明蒙古先民、特别是森林狩猎民曾以鹿为图腾神灵。
鹰图腾
科尔沁右翼杜尔伯特乌尔图那苏贝是成吉思汗弟弟哈萨尔的第二十七世孙，他们的氏族自称是鹰氏族，各代的长子、长孙都以各种鹰来命名。
据《蒙古秘史》中记载，成吉思汗10世祖的小儿子孛端察儿蒙合黑，被4个哥哥抛弃后，走投无路时曾靠一只鹰捕猎维生，他的后人孛儿只斤氏就把鹰视为救命恩人，当作保护神敬奉起来。而铁木真在称汗之前，曾被他的“安达”（兄弟般的挚友）札木合所陷害，也是一只猎鹰救了他。
蒙古萨满传统认为，海东青是天的神鸟使者，它受命降到人间和部落头领成婚，生下一个美丽的女孩，把她培养成了世界上最早的“渥都根”（女巫师）。而布里亚特的萨满神话传说中，男萨满的最早化身也与鹰有血缘关系。
熊图腾
布里亚特和达尔哈特人常称熊为祖先、神圣的，称呼熊“斡拖葛”，意思是长者、老人，他们认为人是从熊变来的，并直呼熊为祖父、父亲、祖先，这正是人们把熊看成与自己有血缘亲属关系的表现，所以才用相应的亲属称谓称呼它们，像亲属一样对待它们。达尔哈特人在猎熊时遵循一套非常特殊的习俗和礼仪，如公熊四季均可捕猎，母熊则不然，要等到它生养了小熊，春天走出洞穴之后才开始捕猎等等。
捕捉熊以后，分吃熊头肉，似是古代原始人“图腾圣餐”习俗的遗留。在原始人看来，用图腾的血和肉作为圣餐，更能巩固他们与图腾的亲密关系，重新获得图腾的灵威。
