水族自称“睢”，关于水族的来源，有殷人后裔说、百越源流说、江西迁来说、江南迁来说等说法。水书是夏商文化的孑遗，属水族的精神支柱。鱼是水族的图腾，饭稻羹鱼是水族的重要社会习俗。
水族的族名以“水”代“睢”，与唐代设置的抚水州有关。开元年间，唐朝在今黔桂交界的环江一带设置以安抚水族先民为主体对象的羁縻抚水州，这是中央王朝对自称“睢”族群的确认，族名从此以“水”代“睢”。
此后，水族的族名在一些私人的著述及史籍中出现，明末邝露《赤雅》有“ 亦僚类”之说。在清代及民国的史籍中，出现水家苗、水家夷、水家等称谓。过去的一些史籍中，把少数民族视为未开化的族群。1957年，国务院批准成立三都水族自治县，族称定为水族。
对于水族的来源，民间和学术界出现殷人后裔说、百越源流说、江西迁来说、江南迁来说等说法，实际是针对水族发展史上某一时段或某一分支而论，都有一定的历史性与合理性。
据《百越源流史》载，大约在殷商之后，水家先民从中原往南迁徙，逐步融入百越族群之中，逐步形成了以中原文化、百越文化为主流的，南北民族融合的二元结构形式。岭南地区以及东南沿海一带，古代居住着许多部落，史学界统称为“百越”。
水族先民南迁之后可能融入百越的“骆越”支系中，然后逐步发展成为单一民族。因此，水族社会保留着殷商文化圈和百越族群的浓郁文化遗存。
水族历史上曾出现过两次举族大迁徙。殷商亡国之后，部分殷人南迁融入百越族群。这是水族先民的第一次迁徙。
公元前2世纪，秦王朝统一中国之后发兵征剿岭南。水族先民举族第二次大迁徙，从百越母体中分离出来，由南方溯流进入龙江、都柳江上游地带生息，大致形成后世分布的格局,并逐步向单一民族迈进。
水族先民水族经历了八九百年相对比较稳定的发展，到了唐代逐步发展成为单一民族。水族的族名以“水”代“睢”，与唐代设置的抚水州有关。开元年间，唐朝在今黔桂交界的环江一带设置以安抚水族先民为主体对象的羁縻抚水州。
据《唐书·地理志》、《唐书·南蛮传》载：“贞观三年，东谢蛮首领谢元深入朝……以其地为应州，拜元深为刺史，领黔州都督府。”“贞观三年，以东谢首领谢元深地置县五:都尚、婆览、应江、陀隆、罗恭。” “开元中，置莪、劳、抚水等羁縻州。”
据考证，应州及属下都尚县的治地为今三都水族自治县上江镇；婆览县治地为三都县恒丰乡，后世称为水婆；应江县治地为榕江县平永乡；陀隆县为台江；罗恭县为雷山县。宜州北面的抚水州在今广西北部之环江一带。
宋末元初，水族已进入封建社会。蒙姓贵族在龙江上游的广大地区建立了封建领主制度的形态，但仍保留着较浓厚的农村公社色彩。表现在领主对辖区内土地并无绝对的支配权，人身依附关系并不牢固，而且在社会基层组织的“洞”或“寨”内，成员还有一定的独立自主权。
“洞”、“寨”内有自己的领袖“都老”管理内部事务，遇有战事则敲击铜鼓或吹牛角，由“都老”召集成员参加战斗。成员可以自由使用洞、寨公有的山林、牧场，但经过开垦的土地则归垦者占有。对封建领主的贡赋亦以村寨作为负担单位。
