2011年3月，江西省文物部门接到群众举报，江西省南昌市新建区大塘坪乡观西村附近山上有一座古代墓葬遭到盗掘，文物部门立刻对该墓葬周边区域进行了考古调查。历时5年多，考古工作者一共勘探约100万平方米，发掘约1万平方米。
海昏侯墓的整个发掘过程代表当今中国一流的考古水平，代表当今中国一流的文物保护水平，代表当今中国的展示水平。墓园的考古发掘有10余家单位跨学科合作，运用科技手段全程提取和记录信息。在考古调查和发掘前期，大量使用了地球物理探测、GPS定位、电子全站仪布网测控、全球地理信息系统（GIS）记录等科技手段，将调查资料完整信息化。初步建立起了海昏侯国遗址的地理信息系统。所有发掘工作都以世界遗产的标准指导考古发掘，为今后大遗址的保护展示提供科学依据。
通过考古，考古人员发现除了2011年盗墓者对西汉海昏侯墓实施一个大的盗洞之外，该墓的西北角有一个五代时期留下的盗洞，从发现的装衣服的漆箱、写有“昌邑九年”字样的漆器等文物来看，盗墓者未能成功实施盗墓。
人们不禁要问，公元前104年至五代时期，中间一千多年时间，为什么它没有遭遇盗墓者的“骚扰”呢？省文物考古所所长徐长青、西汉海昏侯墓考古队领队杨军等多位专家都提到，这得益于东晋时期江西的一场大地震，使墓室早年就坍塌，地下水上涌淹没了墓室。当时人们不具备水下盗墓的条件，才使得该墓得以幸免。专家所说的大地震，指的是公元318年豫章郡发生大地震，此次地震使原来的枭阳县、海昏县等豫章古县淹没到鄱阳湖中。张仲立表示，正是因为墓穴内充满水，这种绝氧的环境不利于微生物生长，才使得墓内的文物得到保护，腐蚀程度不高。
2011年3月23日，江西省文物部门接到群众举报，在南昌市新建县（现为新建区）大塘坪乡观西村老裘村民小组东北约500米的墎墩山上，一座古代墓葬遭到盗掘。该事件立即引起了江西省文化厅、江西省文物局和当地政府的高度重视。江西省文物考古研究所当即派员会同南昌市和新建县文博单位进行现场勘查，并及时向国家文物局、江西省文化厅、江西省文物局做了汇报。从盗洞到出土葬具构件看，该墓葬规模较大，等级较高，很可能与文献记载的汉昌邑王(海昏侯)刘贺这段历史有关。鉴于该墓当时不属于任何一级文物保护单位的特殊性且又由于该墓地处偏僻，被盗墓葬保护难度极大，江西省文物局向国家文物局提出对该墓进行抢救发掘的申请。国家文物局于2011年4月6日在南昌主持召开了新建县墎墩墓保护问题专家论证会，研究后批准了江西省文物局申请，并要求对墓葬周边区域开展考古调查。
根据国家文物局《关于江西新建墎墩古墓考古发掘项目的批复》精神，江西省文物考古研究所制定了《江西新建墎墩墓葬抢救性考古发掘工作方案》和《江西新建墎墩墓葬考古发掘工地安全保卫工作预案》，确立了南昌海昏侯墓考古工作的技术路线。2011年在对南昌海昏侯墓进行抢救发掘前，对其周围方圆5平方公里的区域进行了全面、系统的考古调查，并对南昌海昏侯墓及其墓园进行了重点调查和钻探。2012、2013年在建设、落实好南昌海昏侯墓安全防范监控设施和安全保卫措施，确保考古发掘过程中工地和文物安全的前提下，先后发掘了1座车马坑、3座祔葬墓，解剖了2座园门、门阙及各式墓园建筑基址，还发现了墓园的排水和道路系统。2014年开始发掘主墓，完成封土和墓室内填土的发掘。2015年开始进行椁室回廊、主椁室的发掘、清理、现场出土文物的提取和保护工作，现主棺已安全套箱提取进实验室，正在进行实验室考古工作。
