曹操墓发现和确认的消息传出后，在各专业人士之间以及普通百姓之间均引起了大量的质疑。对于安阳高陵墓主身份人们都有不同的看法。
支持墓主是曹操
曹操高陵考古队队长潘伟斌，以及中国社科院考古研究所的大部分考古专家（如中国社会科学院考古研究所前所长、社科院学部委员刘庆柱，中国社会科学院考古研究所所长王巍，中国社科院考古研究所汉唐考古研究室主任朱岩石，中国社科院考古研究所工作站站长钱国祥，中国社科院考古研究所研究员、汉长安城队队长刘振东，中国社科院考古研究所研究员张雪莲，中国社科院考古研究所研究员张君，中国社科院考古研究所研究员赵超等人）认为，安阳西高穴大墓墓主就是曹操。
所以2009年12月27日，国家文物局在考古学界权威专家的一致认定下，宣布经考古发掘位于河南省安阳市安丰乡西高穴村南的高陵墓主为曹操。
反对墓主是曹操
考古学家、国家文物局专家组成员徐苹芳（已故）：西高穴大墓绝不可能是曹操墓，因为西高穴2号墓的形制与曹休墓是一个级别的，也就是侯这一级的，而不是王或帝王级的。西高穴大墓当然也是有考古价值的，但定性应当是东汉末年的大墓。而曹操墓之所以被质疑，并不存在外行内行之说，而是证据不可靠。
魏晋南北朝文学专家、中国人民大学国学院副院长袁济喜：有关方面公布的“曹操墓在安阳”证据并非第一手材料，都不是很有力的证明。在还没有直接证据的情况下公布相关消息，有悖学术研究的严肃精神。不能否认西高穴墓墓主认定的其他可能。
四川大学历史文化学院教授、著名三国文化研究专家方北辰，从礼制研究入手认为西高穴大墓不是曹操墓，并从陪葬物品、墓的形制、方位、规格以及墓主骨骼年龄等方面分析，西高穴大墓二号墓墓主是曹宇（曹操与环夫人之子，与曹冲为同父同母的兄弟），一号墓墓主是曹奂（曹宇的儿子并未入葬是空墓）。
北京师范大学历史学魏晋南北朝史博士张国安认为，从位置、陪葬物品、墓的形制结合历史记载判断，西高穴大墓的墓主是曹奂。
中国盗墓史研究学者，江苏省考古学会会员倪方六：能认定墓主的东西，都具有惟一指向性，即所谓“铁证”。现在西高穴墓葬中出土的东西，没有一个是“惟一”的，都可以作出 完全相反的解释。比如“魏武王常所用挌虎大戟”，这是认定墓主是曹操的关键东西，但恰恰是这件东西透露出，墓主一定不是“魏武王”本人。 常理而论，“魏武王”是不会把自己的东西写上名字再随葬的。曹操更不会，他惟恐别人找到他的墓。
西安市委党校历史教授、三国史研究专家胡觉照认为安阳“曹操墓”实则五胡十六国时期军阀姚襄墓穴。
从事历史研究三十余年、著有专著《曹操墓研究》的邯郸市历史学会会长刘心长表示：“曹操墓不是孤墓而是群墓，如果这座墓不能确证为曹操墓，而是陪葬墓的话，极有可能是曹操最亲信的大将夏侯惇的墓。”
四川古文化研究领域的知名学者钱玉趾认为西高穴大墓的墓主可能是曹魏时期名臣常林的墓葬。
中国考古学家，并曾任中国社会科学院考古研究所常务副所长、学术委员会副主任、中国考古学会秘书长徐光冀认为，此墓很可能是曹操墓的陪葬墓。
历史学者、作家刘秉光认为墓主是五胡十六国时期后赵第三任皇帝石虎。
