元朝灭亡后，明朝在辽东西部、漠南南部、甘肃北部和哈密一带先后设置了蒙古卫所20多处，各卫所长官都是由蒙古封建领主担任。15世纪初，漠西蒙古瓦剌部和东部蒙古的鞑靼部先后向明朝称臣纳贡，建立了臣属关系。
蒙古分为东西两部：东部蒙古游牧于漠北和漠南，其首领为元室后裔，被视为蒙古的正统；游牧于漠西的瓦剌部(即原斡亦喇部)被称为西蒙古，与东蒙古有姻亲关系。
15世纪，蒙古南北被达延汗重新统一，分东部蒙古为喀尔喀、兀良哈、鄂尔多斯、土默特、察哈尔、喀剌沁（永谢布）六部。
明末清初。蒙古处于分裂割据状态，以大漠为界，分为漠南蒙古、漠北（喀尔喀）蒙古、漠西（厄鲁特）蒙古三部分。漠南蒙古西部的俺答汗注意与明朝修好，发展贸易关系。俺达汗驻地库库和屯（今呼和浩特）修建城郭，商旅幅凑，成为漠南蒙古地区政治、经济、文化中心。
明末，女真建立后金政权。1636年后金改为清，漠南蒙古各部封建主，也先后被清朝征服。1644年明朝灭亡后，清军入关统一中国，直到1757年平定准噶尔部落。至此蒙古族完全置于清朝的统治之下。
清朝为了加强对蒙古族的统治，在重新调整蒙古原来的大小封建领主的基础上，参照满族的八旗制度，在蒙古族地区建立了盟旗制度。颁布了以盟旗制度为核心的一系列诏令，强化和发展了蒙古的封建制度。但清朝在蒙古地区推广喇嘛教，实行“蒙禁”。
北元时期
明代蒙古史是蒙古史研究中的薄弱环节，国内研究落后于国外。日本学者和田清《东亚史研究·蒙古篇》奠定了明代蒙古史框架。
明朝成立后元朝残余势力退回岭北，戈壁沙漠北部是蒙古人北元和1388年北元覆亡之后而分裂出来的鞑靼和瓦剌和兀良哈的活动范围，南部则是明军对抗北元的前线。15世纪末，东部蒙古首领达延汗统一漠南蒙古实现“中兴”。
1572年，蒙古首领达延汗的孙子阿勒坦汗率土默特部驻牧呼和浩特，并在今玉泉区境内建“库库和屯”城，从此土默特部从草原游牧过渡到定居生活。阿勒坦汗在此前和明朝订立的藩属关系，阿勒坦汗被奉为“顺义王”。明政府于万历年间赐汉名“归化”，意思是蒙古族归顺，服从明朝廷的统治。
明朝在辽东西部、漠南南部、甘肃北部和哈密一带先后设置了蒙古卫所40多处，各卫所长官由蒙古封建领主担任。
清朝时代
1618年（明神宗万历四十六年）后金首领努尔哈赤起兵反明。1626年努尔哈赤与漠南蒙古科尔沁部结盟。努尔哈赤死后其清太宗皇太极统一漠南诸部，获元朝传国玉玺后于崇德元年（1636年）建立大清国，并最终消灭南明，征服全中国。
其间塞外的蒙古诸部有的与清朝统治者联盟、联姻，如科尔沁部；有的则被清朝征服，如喀尔喀部、和硕特部、卫拉特部、察哈尔部、准噶尔部。最终当时整个东亚地区的蒙古部落隶属于清朝的治下。
清代将蒙古分为设官治理的内属蒙古和由札萨克世袭统治的外藩蒙古。外藩蒙古又称之为外札萨克蒙古（漠南蒙古十六盟）和乌里雅苏台、科布多（喀尔喀蒙古、漠西蒙古）。其中前者成为今内蒙古自治区的主体部分。
清代后期的官方文书中出现了内蒙古和外蒙古的概念。内蒙古一词指内札萨克蒙古49旗，外蒙古则指喀尔喀4部（有时也包括科布多和唐努乌梁海）。清亡之后喀尔喀蒙古走向独立，而内蒙古则在中华民国的统治下，分属于兴安省、热河省、察哈尔省、绥远省、宁夏省。后由中华人民共和国统治，设内蒙古自治区。
清朝蒙古地区实行盟旗制度。盟由各部定期会盟而形成的机构，旗是分解原来的部落而组成。盟旗中地位最高是各旗札萨克与藏传佛教的呼图克图。
