丽江古城始建于宋末元初（13世纪后期），由丽江木氏先祖将统治中心由白沙古镇迁至现狮子山，开始营造房屋城池，称“大叶场”。
丽江古城位于云南省丽江市古城区，又名大研镇，坐落在丽江坝中部，始建于宋末元初（公元13世纪后期），地处云贵高原，面积为7.279平方公里。
古城名称来源据说是因为丽江世袭统治者姓木，筑城势必如木字加框而成“困”字之故。丽江古城的纳西名称叫“巩本知”，“巩本”为仓廪，“知”即集市，丽江古城曾是仓廪集散之地。南宋宝佑元年（1253年），蒙古军南征，木氏先祖阿宗阿良迎降，阿宗阿良归附元世祖忽必烈，驻军于此。
丽江木氏此后称呼皆为土司木氏，木氏土司是指明清云南三大土府之一的纳西族木氏封建领主，历经元、明、清三代，直到雍正年间改土归流，历经22世470年。宋宝祐元年，蒙古宪宗三年（1253），蒙古军经境征大理国，第二年，封巨津州纳西族首领和牍之子阿乾为茶罕章管民官。
元至元十三年（1276年），茶罕章管民官改为丽江路军民总管府。元至元十四年（1277年），三跋管民官改为通安州，州治在今大研古城。同年，改丽江路通安州。
明洪武十五年（1382年），通安州知州阿甲阿得归顺明朝，设丽江军民府，阿甲阿得被朱元璋皇帝赐姓“木”并被封为世袭知府。从此，这个家族在延续父子联名制的同时，拥有了汉族的姓氏“木”姓，并以“世袭土官知府”的身份统治丽江。
而木氏土司为了保持统治集团姓氏的高贵，在纳西族内推行“官姓木，民姓禾”的制度。木氏土司代代承袭，一直沿袭到明、清时期。
明代，木氏土司承前启后，开采银矿，用武力向北与吐蕃争夺金矿、盐矿，兴修水利，发展农牧业及手工业、商贸业，与蒙化、元江并称为云南三大土府之一，富冠诸土司，并以知诗书、好守礼义而著称于当时，影响于后世。
木氏土知府积极向朝廷捐饷银、战马，多次派士兵帮助朝廷征战，成为全省土司之首。清代，初期沿明制仍封木氏为世袭土知府。但实力大不如前。
明洪武十六年（1383年），木得在狮子山麓兴建“丽江军民府衙署”。曾遍游云南的明代地理学家徐霞客，在《滇游日记》中描述当时丽江城“民房群落，瓦屋栉比”，明末古城居民达千余户，城镇营建已颇具规模。
至清雍正元年（1723），清王朝对丽江实行“改土归流”，委派流官任知府，降木氏世袭土知府为世袭土通判，解除了木氏土司的统治权。
清雍正二年（1724年），第一任丽江流官知府杨馝到任后，在古城东北面的金虹山下新建流官知府衙门、兵营、教授署、训导署等，并环绕这些官府建筑群修筑城墙。
